崔晓波 , 孙梦琦 , 赵康路 , 闫立仁 , 张岚

华北理工大学生命科学学院, 基因组学与计算生物学研究中心, 唐山, 063200
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2018 年, 第 37卷, 第 49 篇   
收稿日期: 2017年03月20日    接受日期: 2017年04月03日    发表日期: 2018年02月25日

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以葡萄、桃和可可为研究对象，基于比较基因组学，利用基因同源共线性方法对基因组结构和基因间同源信息进行比对分析，确定了物种基因组内和基因组间的同源片段。通过统计三个物种基因组间的同源共线基因的保留情况发现，葡萄基因组的保留情况最好，桃次之（为73.4%），可可最差（为68.9%），其丢失均可能是由于双子叶植物共有的三倍化导致基因组稳定性遭到破坏。另外，共线基因间的同义核苷酸替换率的频数分布证实，葡萄、桃和可可仅经历过一次古老的全基因组三倍化，并未经历最近的全基因组加倍，且可可基因组进化最快，葡萄基因组进化最保守；三个物种的分歧时间分别为：葡萄（~110 Mya）、可可（~90 Mya）、桃（~80 Mya）。

葡萄；桃；可可；全基因组加倍；基因组稳定性