崔亚² , 朱俊子² , 周倩^1,2 , 高必达^1,2

1 湖南农业大学植物疾病控制与利用湖南省高校重点实验室, 长沙, 410128;
2 湖南农业大学生物信息系, 长沙, 410128
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2012 年, 第 31卷, 第 26 篇   
收稿日期: 2012年03月16日    接受日期: 2012年03月30日

这是一篇《基因组学与应用生物学》Online Publishing in Advance 印刷版数字优先出版的论文。如果需要下载阅读全文，请订阅。

运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus, SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNYY S10)，并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示，SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1 797 bp (登录号: JQ337964)，含有一个ORF，编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白，推测分子量约62.6 kD，推测等电点为7.62，与已报道的广东、海南、云南分离物病毒的S10作比较，它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%、98.4%，氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%、99.3%。对SRBSDV-HuNDC S10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5'URT与3'URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳，对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找，得到该属(Fijiviruses)氨基酸序列的10个保守区段。此外，进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测，发现了三个可能的N端豆蔻酰基化位点，可能与病毒的侵染机制有关。

南方水稻黑条矮缩病毒； S10片段； 基因组序列分析