宋大伟^1,2,3 , 庞欢瑛^1,2,3* , 邱明生^1,2,3 , 林紫薇^1,2,3 , 汤菊芬^1,2,3 , 梁珊珊¹ , 简纪常^1,2,3*

1 广东海洋大学水产学院, 湛江, 524088;
2 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室, 湛江, 524088;
3 广东省水产经济动物病害控制重点实验室, 湛江, 524088
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2018 年, 第 37卷, 第 43 篇   
收稿日期: 2017年03月30日    接受日期: 2017年04月22日    发表日期: 2018年04月16日

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本研究从溶藻弧菌中克隆获得Va1686基因的编码区序列(GenBank: KX245316)，该基因全长1164bp，可编码387个氨基酸，应用生物信息学的方法和工具对溶藻弧菌HY9901Ⅲ型分泌系统效应蛋白Va1686的理化性质、蛋白结构、遗传进化关系和抗原特性等方面进行预测和分析。结果表明： Va1686蛋白为稳定的亲水性蛋白，蛋白呈酸性，不具有跨膜区和信号肽，二级结构以α螺旋为主。进化分析显示溶藻弧菌 HY9901 与哈维氏弧菌（V. harveyi）聚为一支，表明在进化关系上最为接近。Va1686含有一个与毒性相关的Virulence_RhuM保守结构域。多种参数预测了Va1686可能的B细胞抗原优势表位，分别是第48～49、82～85、125～126、150～153、185～186、236～237等区段。利用SWISS-MODEL软件，模拟了Va1686亚基三维结构模型，发现与其同源蛋白副溶血弧菌vopS非常相似，相似度达到89.46%。本研究从生物信息学角度分析了Va1686作为弧菌共同抗原的可行性，为下一步的疫苗研发奠定了基础。

溶藻弧菌；三型分泌系统；效应蛋白；生物信息学分析