黄飘飘 , 李俊彦 , 张大兵

上海交通大学生命科学技术学院, 上海, 200240
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2018 年, 第 37卷, 第 53 篇   
收稿日期: 2017年03月31日    接受日期: 2017年04月22日    发表日期: 2018年03月25日

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miRNA是重要的调节因子，在植物的生长发育和抗逆等过程中扮演不可替代的角色。和miRNA介导的基因沉默相关的单核苷酸多态性(SNP)可能和植物生长发育和农艺性状密切相关。为进一步了解在miRNA和其靶基因上的进化压力以及SNP如何通过影响miRNA和靶基因对的互补模式从而影响miRNA相关的性状，我们利用300 0份水稻基因组数据分析了编码miRNA的基因进行全基因组SNP，发现pre-miRNA上SNP的密度比基因间隔区低平均4%，比外显子区域低平均8%。对比成熟的保守miRNA和非保守miRNA发现，两者各位点上SNP分布的趋势并不相同，暗示了两者各位点上的进化压力存在差异；通过比较成熟的保守miRNA和其相应的靶基因结合位点，则发现它们之间SNP分布有相关性，说明miRNA和相应靶基因结合位点存在共同进化。另外，我们找到了两个靶基因OsARF13和OsMADS27的miRNA结合位点上携带有两个可能对miRNA介导的调节产生重要影响的SNP。该项研究从全基因组水平揭示miRNA和靶基因存在SNP，可能加深甚我们对miRNA介导的基因沉默机理的理解。

水稻； miRNA；单核苷酸多态性； 互补性；形状改变