巩鹏涛^1,3 , 徐润生² , 方宣钧^1,2,3

1.东北林业大学盐碱地生物资源环境研究中心, 哈尔滨, 150040
2.浙江农林大学暨阳学院，暨阳国际先进技术研究中心, 诸暨, 311800
3.海南省热带农业资源开发利用研究所, 三亚, 572025
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2015 年, 第 4卷, 第 1 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2015.04.0001
收稿日期: 2015年01月11日    接受日期: 2015年02月12日    发表日期: 2015年02月20日

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推荐引用：

引用格式(中文)：
巩鹏涛等, 2015, 蛋白质基因组学研究中的质谱仪与生物信息学方法, 计算分子生物学(online), 4(1): 1-12 (doi: 10.5376/cmb.cn.2015.04.0001)
引用格式(英文)：
Gong et al., 2015, The Spectrometry and Bioinformatics in the Studies of Proteogenomics, Jisuan Fenzi Shengwuxue (online), 4(1): 1-12 (doi: 10.5376/cmb.cn.2015.04.0001)

随着串联质谱的蛋白质组学技术和高通量基因组测序技术的迅速发展，大大促进了组学之间的交叉和融合，作为基因组学和蛋白组学的一个集合，蛋白质基因组学(Proteogenomics)应运而生。蛋白质基因组学的核心任务是获得足够深度和广度的蛋白质组，转录组和基因组等数据, 并将所获得的组学数据进行整合分析，以便从整体的层面进行系统生物学研究。显然，蛋白质基因组学的研究涉及到蛋白质组和基因组数据的获取及后续的交叉大数据分析。针对蛋白质基因组学的分析研究中，本文总结了质谱仪和蛋白质基因组学流程分析软件的选择，重点评述了常用的生物信息学计算工具，如PepLine 、Proteogenomic Mapping Tool InsPecT，iPiG、PGP、Peppy、Bacterial Proteogenomic Pipeline、SearchGUI、ProteoAnnotator、Genosuite 等。

蛋白质基因组学；质谱仪；蛋白质组；基因组注释；生物信息学