张洁^1,2 , 吴仲琦^1,2

1浙江农林大学暨阳学院生命科学研究所, 诸暨, 311800
2诸暨市翠溪生物技术研究院, 诸暨, 311800
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2022 年, 第 11卷, 第 1 篇   
收稿日期: 2022年09月19日    接受日期: 2022年11月28日    发表日期: 2022年12月08日

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推荐引用：

张洁, 吴仲琦, 2022, 杀甘薯小象甲Bt S1028-1全基因组草图构建, 计算分子生物学, 11(1): 1-9 (doi: 10.5376/cmb.cn.2022.11.0001)
(Zhang J., and Wu Z.Q., 2022, Construction of a complete genome sketch of Bt S1028-1 against Cylas formicarius, Jisuan Fenzi Shengwuxue (Computational Molecular Biology), 11(2): 1-9 (doi: 10.5376/cmb.cn.2022.11.0001))

苏云金芽孢杆菌S1028-1对甘薯小象甲具有较高的生物活性，在本研究中，利用Illumina HiSeq 2000测序平台对Bt S1028-1进行de novo全基因组测序，共获得1.66 Gb原始数据，通过对原始reads数据进行质控、过滤和SOAPdenovo短序列拼装共得到270个Scaffolds，其中基因组大小是5.87 Mb，N50长度是66 528 bp，GC含量为34.99%。选取NCBI数据库中已有的17个Bt菌株基因组信息作为参考，对Scaffolds进行基因组序列组装，得到3个复制子。其中，拟核基因组的大小为5.24 Mb，GC含量为35.29%；2个质粒的基因组序列长度分别是517 Kb和116 Kb，GC含量均在32%左右。以基因组序列和注释信息为基础，利用GCviewer构建Bt S1028-1的基因组可视化草图。Bt S1028-1的全基因组测序及草图的构建为该菌株的功能性研究提供了研究基础，有助于Bt S1028-1杀虫毒素蛋白的识别与鉴定。

苏云金芽孢杆菌；Bt S1028-1；全基因组测序；基因组拼装；草图基因组