何闪 , 张淑杰 , 修乐山 , 邢朝斌

河北联合大学生命科学学院, 唐山, 063000
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2013 年, 第 2卷, 第 3 篇   
收稿日期: 2013年03月21日    接受日期: 2013年03月21日    发表日期: 2013年03月21日

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推荐引用：

引用格式(中文):

何闪, 张淑杰, 修乐山, 邢朝斌, 2013, 鲨烯合酶基因的密码子偏性分析, 基因组学与应用生物学, 32(2): 232-239

引用格式(英文):

He S., Zhang S.J., Xiu L.S., and Xing Z.B., 2013, Codon Usage Analysis in Squalene Synthase Gene, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 32(2): 232-239

 

为了分析鲨烯合酶(squalene synthase, SS)基因密码子的使用方式及其影响因素，利用 codon W 和 SPSS 16.0 软件对 47 条来自不同物种的 SS 基因进行多元统计分析、对应性分析。SS 基因密码子 1~3 位碱基 的 GC 含量(GC1, GC2 和 GC3)依次为 51.33%、34.65%和 54.37%，3 个位点的 GC 含量均呈极显著相关关系 (p<0.01)，对应性分析的结果表明，第 1 轴显示 30.71%的差异，有效密码子数和 GC3、GC1 和 GC2 的均值与 GC3 之间的相关性均达极显著水平(p<0.01)。筛选出的 26 个最优密码子的第 3 位碱基均为 G 或 C。以 MEGA 5.0 构建的基于 SS 蛋白质序列的进化树比基于 RSCU 的聚类更符合传统的系统发育观点。SS 基因 密码子偏好以 G/C 结尾，使用模式受选择和突变影响，突变对密码子偏好影响较大。

鲨烯合酶；密码子偏性；多元分析；聚类分析