马赛箭 , 安超 , 薛文娇^* , 上官亦卿

陕西省微生物研究所, 西安, 710043
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2016 年, 第 5卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2016年05月10日    接受日期: 2016年05月10日    发表日期: 2016年05月10日

本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》(2016年第35卷第4期931-941页)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

引用格式(中文)：

马赛箭, 安超,  薛文娇, 上官亦卿, 2016, 基于高通量测序的出芽短梗霉转录组学研究, 基因组学与应用生物学, 35(4): 931-941 (doi: 10.13417/j.gab.035.000931)

引用格式(英文)：

Ma S.J., An C., Xue W.J., and Shangguan Y.Q., 2016, Deep Sequencing-based Transcriptome Analysis of Aureobasidium pullulans, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 35(4): 931-941 (doi: 10.13417/j.gab.035.000931)

为获得出芽短梗霉合成普鲁兰多糖的转录组信息，揭示出芽短梗霉生长发育过程中转录组的整体表达特征，本研究采用Illumina HiSeq 2500平台对出芽短梗霉swp 35进行高通量测序，结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序、组装共得到29919条Transcript和20312条Unigene。所有Unigene与NCBI的非冗余蛋白质数据库(Nr)进行相似搜索(E值<10^-5)，结果一共有13,465个Unigene与数据库中的已知基因同源。此外，还对Unigene 进行了GO、COG 和KEGG的功能注释、分类及通路分析，获得一批与普鲁兰多糖合成相关的基因。通过高通量测序，获得了丰富的出芽短梗霉合成普鲁兰多糖的转录组数据，为深入研究出芽短梗霉合成普鲁兰多糖的代谢调控提供了有价值的数据。

高通量测序；出芽短梗霉；转录组；基因注释