崔亚² , 朱俊子² , 周倩^1,2 , 蒋坚² , 高必达^1,2

1 湖南农业大学植物疾病控制与利用湖南省高校重点实验室, 长沙, 410128;
2 湖南农业大学生物信息系, 长沙, 410128
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2012 年, 第 1卷, 第 6 篇   
收稿日期: 2012年10月27日    接受日期: 2012年10月28日    发表日期: 2012年10月29日

本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》2012 年，第 31 卷，第 2 期，第 160-166 页上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

Cui Y., Zhu J.Z., Zhou Q., Jiang J., and Gao B.D., 2012, Sequence analysis of genome segment S10 of Hunan Dingcheng isolate of Southern Rice Black-Streaked dwarf virus, Jiyin Zuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 31(2): 160-166 (崔亚, 朱俊子, 周倩, 蒋坚, 高必达, 2012, 水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析, 基因组学与应用生物学, 31(2): 160-166)

运用 RT-PCR 技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southern rice black-streaked dwarf virus, SRBSDV) 湖南鼎城株系的基因组 S10 片段(SRBSDV-HuNDC S10)，并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结 果显示，SRBSDV-HuNDC S10 片段全长为 1 797 bp (登录号: JQ337964)，含有 1 个 ORF，编码 557 个氨基 酸残基的衣壳蛋白，推测分子量约 62.6 kD，推测等电点为 7.62，与已报道的广东、海南和云南分离物病毒 的 S10 作比较，它们的核苷酸相似性分别为 99.7%、99.0%和 98.4%，氨基酸相似性分别为 100.0%、99.5% 和 99.3%。对 SRBSDV-HuNDC S10 及部分 Fijiviruses 病毒对应片段在 5' URT 与 3' URT 存在的保守序列 和互补序列进行了归纳，对其 ORF 编码的氨基酸序列进行了 motif 查找，得到该属(Fijiviruses)氨基酸序列 的 10 个保守区段。此外，进行了糖基化位点、磷酸化位点及 B 细胞抗原表位预测，发现了 3 个可能的 N 端 豆蔻酰基化位点，可能与病毒的侵染机制有关。

南方水稻黑条矮缩病毒；S10片段；基因组序列分析