韩丽珍^1,2 , 李翠翠^2,3 , 赵德刚^1,2,3

1贵州大学绿色农药与农业生物工程国家重点实验室培育基地, 贵阳, 550025;
2贵州大学生命科学学院山地植物保护与种质创新省部共建教 育部重点实验室, 贵阳, 550025;
3贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室, 贵阳, 550025
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2014 年, 第 3卷, 第 5 篇   
收稿日期: 2014年09月16日    接受日期: 2014年09月30日    发表日期: 2014年10月10日

本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》(2014年第33卷第3期478-486页)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

引用格式(中文)：

韩丽珍, 李翠翠, 赵德刚, 2014, Cupriavidus campinensis BJ71 菌株 2, 4-D 降解基因 tfdA 生物信息学分析, 基因组学与应用生物学, 33(3): 478-486 (doi: 10.13417/j.gab.033.000478)

引用格式(英文)：

Han L.Z., Li C.C., and Zhao D.G., 2014, Bioinformatics Analysis of 2, 4-D-Degrading Gene tfdA of Cupriavidus campinensis BJ71, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 3(5): 1-11 (doi: 10.13417/j.gab.033.000478)

本文以2,4-二氯苯氧乙酸高效降解菌Cupriavidus campinensis BJ71菌株中克隆的tfdA基因全序列为研究对象，利用生物信息学方法分析该基因及其推测出的编码蛋白理化性质、蛋白的亲水性或疏水性及 亚细胞定位、预测信号肽、跨膜结构域、蛋白二级结构及模体、三级结构等特性。结果表明，BJ71菌株的 tfdA基因开放阅读框全长 864 bp，系统发育树表明其属于Ⅰ族tfdA基因。TfdA蛋白包含287个氨基酸，分子量为32 kD、理论等电点为6.01，是一种不含信号肽、定位于细胞质中的可溶性亲水蛋白。α螺旋和无规卷曲是该蛋白主要的二级结构元件。用RaptorX进行三级结构建模Ramachandran评估显示获得了合理可靠的TfdA蛋白结构模型。

2,4-D 降解基因；tfdA；系统发育树；生物信息学分析