Sushanta Deb , Surajit Basak

分子生物学与生物信息学系, 特里普拉大学, Suryamaninagar, 印度
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2015 年, 第 4卷, 第 12 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2015.04.0012
收稿日期: 2015年10月27日    接受日期: 2015年10月27日    发表日期: 2015年10月27日

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推荐引用：

Deb S. and Basak S., 2015, Comparative study of Codon usage pattern and compositional distribution between whole genome and virulence gene set of Vibrio cholerae N16961., Computational Molecular Biology, Vol.5, No.6 1-4 (doi: 10.5376/cmb.2015.05.0006)

霍乱弧菌是一种能够引起霍乱、严重腹泻疾病的致病性微生物，经常发生在南亚。霍乱弧菌其致病和非致病性主要区别在于其菌株所含有的毒力基因不同。已有大量不同生物型的霍乱弧菌被发现。这些菌株包含不同的致病因素，例如接收和传递毒素的基因，定植因子，抗生素耐药性,，为氯7提供抗性的荚膜多糖抗，以及例如0139唇多糖和O抗原胶囊等新的表面抗原。霍乱弧菌的这些致病基因会在不同的阶段发生不同模式的转移，例如侧向或横向转移。收集这些致病基因和其他辅助遗传因子，有助于我们了解细菌病原体的致病机理以及其是如何变成一个新的菌株。为了了解这些致病基因的遗传特性和致病基因簇（VGS）全部密码子的使用模式，我们测量了VGS的GC含量，结果表明全基因组和VGS在GC含量上没有任何区别。同时也发现，全基因组的编码序列（CDS）和致病基因簇（VGS）在GC含量的分布上是相似的。A3s、T3s、G3s、C3s和GC3s，以及ENC值，核苷酸含量（A%, T%, C%, G%, 和GC%)的研究结果显示，突变偏好性在VGS的密码子偏好性塑造中扮演着重要角色。

密码子使用模式；全基因组；致病基因；霍乱弧菌