Sujay Ray , Angshuman Bagchi

卡利亚尼大学生物化学与生物物理学系, 卡利亚尼, 纳迪亚, 印度
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2013 年, 第 2卷, 第 9 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2013.02.0009
收稿日期: 2013年09月24日    接受日期: 2013年09月24日    发表日期: 2013年09月25日

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推荐引用：

Bagchi et al., 2013, Structural Analysis of the Mode of Interactions of SoxB Protein with SoxYZ Complex from Allochromatium vinosum in the Global Sulfur Oxidation Cycle, Computational Molecular Biology, Vol.3, No.1 1-5 (doi: 10.5376/cmb.2013.03.0001)

微生物氧化还原反应是一种通过维持硫的再循环以达到维持环境硫平衡的非常必要的反应，这些氧化过程由大量的各种各样的硫氧化细菌进行。α-变形菌Alvchromatium vinosum (A.vinosum或A.vino)的sox基因簇主要负责微生物的氧化还原反应。这个过程的主要蛋白质是SoxY，SoxZ和SoxB。SoxY在SoxS的帮助下与硫阴离子结合，SoxB是异源二聚体蛋白，水解释放一分子硫酸盐后产生SoxY-过硫化物。在目前的研究中，同源建模已被用于构建SoxY和SoxZ的三维结构，由于序列长度很大，仅SoxB的5'-核苷酸酶C末端结构域已经通过同源性建模建模，通过蛋白质-蛋白质的对接形成了SoxYZB的复合物，并且使用蛋白质相互作用计算机(P.I.C)网络服务器鉴定了参与相互作用的蛋白质的氨基酸残基。SoxY，Socks和5'-核苷酸酶之间的相互作用和SoxB蛋白的C-末端结构域主要通过氢键介导。SoxB与SoxYZ复合物相互作用可能的生物物理机制已经得到了鉴定。

对接模拟；环境硫平衡；同源建模；Sox操纵子；硫氧化