Chakraborty and Paul, 2014, GC2 Biology Dictates Gene Expressivity in Camellia sinensis, Computational Molecular Biology, Vol.4, No.2, 10-17 (doi: 10.5376/cmb.2014.04.0002)

基因表达的有效性受到在基因的编码序列(cds)中使用的密码子的性质的影响。这是由于大多数基因和生物体不均匀使用同义密码子。优先使用某些同义密码子这种现象称为密码子使用偏移 (CUB)。我们分析了在每个密码子位点的标准化的AT和GC频率。我们观察到基因表达(通过CAI测量)和任何密码子位点处的GC含量之间的相关性非常弱，除了GC2显示与基因表达中度正相关。我们还测量了三个密码子位点的CAI和AT含量之间的相关性。AT2与基因表达呈中度负相关。我们进一步观察到RCBS(基因表达的测量)和cds长度之间的强相关性，表明自然选择可能有利于较短基因在更高水平表达。对于该分析，我们最初下载茶树的350个编码序列，其中仅发现十个cds以起始密码子ATG开始，并且长度为三个碱基的精确倍数并且缺乏N(任何未知碱基)。我们对这十个cds的分析显示，在确定基因表达性方面，茶树中同义密码子的第二个位置可能比第三个位置发挥更显着的作用，这从CUB和相关分析中可以看出。