Ramesh Kumar Gopal , Subazini Thankaswamy Kosalai , Rajadurai Chinnasamy Perumal , Palani Kannan Kandavel

生物信息学实验室, AU-KBC研究中心, 安娜大学, 金奈, 600044, 印度
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2014 年, 第 3卷, 第 10 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2014.03.0010
收稿日期: 2014年08月07日    接受日期: 2014年09月26日    发表日期: 2014年10月08日

本文首次以英文发表在 Computational Molecular Biology 2014, Vol.4, No.4, 34-43上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License 协议对其进行授权，用中文再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。如果读者对中文含义理解有歧义，请以英文原文为准。

推荐引用：

Kumar et al., 2014, In silico Proteomic Functional Re-annotation of Escherichia coli K-12 Using Dynamic Biological Data Fusion Strategy, Computational Molecular Biology, Vol.4, No.4 34-43 (doi: 10.5376/cmb.2014.04.0004)

大肠杆菌，是广大生物学研究着最喜欢的模型生物之一，最初是在1997年注释，并在2007年完成重新注释。虽然在大肠杆菌基因组上，已经进行了多年的深入研究，但在完整和准确的生物功能上的研究信息并不可用。在大肠杆菌中，因为缺乏功能信息，约有40%的蛋白质序列被注释为假定蛋白。因此，这些蛋白序列需要利用更先进的计算方法去获取它的生物学功能。在这里，我们采用“动态生物数据融合策略”，对大肠杆菌K-12完整蛋白质组进行了重新注释。它是一种计算策略，我们通常应用于与异构生物数据源相结合，最大限度地提高知识共享和生成数据集的交集。本研究对大肠杆菌K-12的功能重新注释结果有助于我们获取高质量、完整的蛋白质组数据。我们已经更新了以前注释的所有的蛋白质编码基因，并试图在可能的情况下分析新的或更精确的蛋白功能。约29%的大肠杆菌的蛋白质序列，先前被注释为你不清楚或未知功能(即无功能)，现在已被注释为清楚或已知的功能。此外，重新分析也导致了对已发现是假阳性或错误注释的蛋白序列的修订。这个研究的注释结果信息可以作为数据库，“REC-DB”，这仍然是一个有用的、数据得到更新、信息更准确的数据库。REC-DB是公开在http://recdb.bioinfo.au-kbc.org.in/recdb/。

大肠杆菌；重新注释；假设蛋白；置信水平；系统发生；基序