Meinken John^1,4 , Asch K. David^2,4 , Neizer-Ashun A. Kofi³ , Chang Guang-Hwa , Chester R.Cooper JR^2,4 , Xiang Jia Min^2,4

1 计算机科学与信息系统系, 扬斯敦州立大学, 扬斯顿, 美国
2 生物科学, 扬斯敦州立大学, 扬斯敦, 美国
3 数学系, 扬斯敦州立大学, 扬斯顿, 美国
4 应用化学与生物学中心, 扬斯敦州立大学, 扬斯敦, 美国
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2015 年, 第 4卷, 第 10 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2015.03.0010
收稿日期: 2015年08月05日    接受日期: 2015年09月21日    发表日期: 2015年11月07日

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推荐引用：

Meinken et al., 2014, FunSecKB2: a fungal protein subcellular location knowledgebase, Computational Molecular Biology, Vol.4, No.6, 1-17 (doi: 10.5376/cmb.2014.04.0007)

FunSecKB2是真菌分泌和亚细胞蛋白质组的改进和更新版本，即蛋白质的亚细胞定位的知识库。真菌蛋白序列数据取自UniProtKB数据库，由近200万个与167种完整的蛋白质组相关的蛋白质序列组成。基于精确的信息和其中计算的工具来进行蛋白质的亚细胞定位。用于亚细胞定位预测的工具包括SignaIP、WoLF PSORT、Phobius、TargetP、TMHMM、FragAnchor和PS-Scan。分泌蛋白即分泌蛋白组，连同其他15个亚细胞蛋白质组进行预测。用户可以通过搜索几种不同的标识符在该数据库中搜索到所需数据，可以是基因名称或关键字(词)。任何一个物种的亚细胞蛋白质组可以被搜索或下载，而BLAST搜索整个真菌蛋白数据或分泌蛋白数据是可用的。基于实验证据的亚细胞位置的群落注释也是被支持。初步分析显示，一种真菌的分泌蛋白组大小是其生活方式的决定因素之一。基因本体论和蛋白质结构域分析显示，真菌分泌蛋白组中包含很多水解酶类、肽酶、氯化还原酶类和裂解酶，这可能在化学废料和生物燃料生产的生物处理中具有潜在的应用。该数据库为真菌群落寻找蛋白质的亚细胞定位信息和亚细胞蛋白质组分析提供了一个重要的且丰富的资源。

计算预测；真菌；分泌蛋白；分泌；信号肽；亚细胞定位；亚细胞蛋白质组