王晶^1,2* , 张丽伟^1,3* , 刘春燕¹ , 李玉花² , 陈庆山^1,3 , 胡国华^1,3

1 黑龙江省农垦科研育种中心, 哈尔滨, 150090;
2 东北林业大学生命学院, 哈尔滨, 150040; 3 东北农业大学农学院, 哈尔滨, 150030
* 同等贡献作者
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2012 年, 第 1卷, 第 12 篇   
收稿日期: 2012年12月21日    接受日期: 2012年12月21日    发表日期: 2012年12月22日

本文首次发表在 《基因组学与医学生物学》，2011 年，第30 卷，第6 期，第649-656 页上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

Wang J., Zhang L.W., Liu C.Y., Li Y.H., Chen Q.S., and Hu G.H., 2011, Prediction of pathogenesis related protein in Soybean using HMMER and Blast, Jiyin Zuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 30(6): 649-656 (王晶, 张丽伟, 刘春燕, 李玉花, 陈庆山, 胡国华, 2011, HMMER及同源比对预测大豆病程相关蛋白, 基因组学与应用生物学, 30(6): 649-656)

病程相关蛋白(pathogenesis related proteins, PRs)是病理或病理相关环境下诱导产生的一类蛋白，它 的产生与积累是植物体应答生物或非生物胁迫的主要特征之一。近年来大量 PR 蛋白被鉴定，根据它们的结 构特征，生物功能以及进化关系等将 PR 蛋白分为 14 个家族。然而，在重要的粮食和油料作物的大豆中发现 的 PR 蛋白却很少，本文通过搜索拟南芥、水稻、玉米以及豆科植物所有的已有的 PR 蛋白，根据其保守结构 域利用 BLAST 程序和 HMMER 程序同时预测大豆中可能存在的 PR 蛋白，通过两种方法的预测和比较整 合，共得到大豆 9 个家族的 36 个 PR 蛋白序列。并对它们的连锁群分布、基因结构、基因长度及进化关系进 行了详细的分析。发现 PR 家族成簇分布于 Gm05、Gm10、Gm13、Gm15、Gm17、Gm19 和 Gm20 等几个连锁 群，基因普遍存在序列较短，大部分都小于 1 000 bp，且内含子数目较少，结构相对简单的特点。在 PR4 家族 中，其家族成员亲缘关系都非常相近，而 PR1-4 和 PR1-3 等与该家族其它成员亲缘关系较远的情况。本研究 结果预测的 PR 蛋白为大豆抗病育种以及抗病基因工程研究提供了良好的基础，同时为大豆中其它家族基 因预测研究以及其它物种基因家族研究提供参考方法。

大豆； 病程相关蛋白(PRs)；BLAST；隐马尔可夫模型应用程序包(HMMER)