姚晶¹ , 顾文亮¹ , 夏启玉² , 胡新文¹ , 郭建春²

1 海南大学农学院, 海口, 570228;
2 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海口, 571101
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2012 年, 第 1卷, 第 1 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2012.01.0001
收稿日期: 2012年03月12日    接受日期: 2012年05月18日    发表日期: 2012年05月25日

本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》(2012年第31卷第2期154-159页)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

引用格式(中文)：
姚晶等, 2012, 植物甜蛋白马宾灵(MabinlinⅡ)的二级结构及其B细胞抗原表位预测, 计算分子生物(online) Vol.1 No.1 pp.1-6 (doi: 10.5376/cmb.cn. 2012.01.0001)
引用格式(英文)：
Yao et al., 2012, Prediction of the Secondary Structure and B Cell Epitopes of the Plant Sweet Protein MabinlinⅡ, Jisuan Fenzi Shengwu (online) (Computational Molecular Biology) Vol.1 No.1 pp.1-6 (doi: 10.5376/cmb.cn.2012.01.0001)

马宾灵(MabinlinⅡ)是中国所特有的植物甜蛋白，在目前已知的七种植物甜蛋白中具有最佳的热稳定性，将其作为新型甜味剂有着广阔的市场前景。本研究以马宾灵的氨基酸序列为基础，采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法预测马宾灵的二级结构，采用Karplus-Schulz方法预测马宾灵的蛋白质骨架区柔韧性，采用Kyte-Doolittle方法预测马宾灵的蛋白质疏水性，采用Emini方法预测马宾灵的蛋白质表面可能性，采用Jameson-Wolf方法预测马宾灵的B细胞抗原表位。分析结果表明，马宾灵的A链多形成转角和无规则卷曲结构，A链的N端27~30区段形成较柔软的蛋白质骨架结构，A链的N端4~6、7~9、10~11、12~14、20~22、23~26和30~33区段为抗原位点的可能性较大；马宾灵的B链多形成β折叠和转角结构，B链的N端0~7、9~13、28~29、33~34、40~45、53~54和55~57区段为抗原位点的可能性较大。本研究以生物信息学手段分析预测马宾灵的二级结构及其B细胞抗原表位，为设计马宾灵多克隆抗体以检测马宾灵在不同生物反应器中的表达研究提供参考数据。

植物甜蛋白；马宾灵；二级结构；B细胞抗原表位