章芬¹ , 黄庆生² , 严翠婷¹ , 吴建华¹

1华南理工大学生物科学与工程学院, 广州, 510006;
2中山大学生命科学学院, 广州, 510275
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2012 年, 第 1卷, 第 3 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2012.01.0003
收稿日期: 2012年03月12日    接受日期: 2012年06月28日    发表日期: 2012年07月13日

本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》(2012年第31卷第3期205-211页)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

引用格式(中文)：
章芬等, 2012, 原核生物基因组三核苷酸转移概率偏倚的物种特异性及致病关联性, 计算分子生物学(online) Vol.1 No.3 pp.16-22 (doi: 10.5376/cmb.cn.2012.01.0003)
引用格式(英文)：
Zhang et al., 2012, The Correlation between Species-specificity and Pathogenicity of Trinucleotide Transition Probability Bias in Prokaryotic Genomes, Jisuan Fenzi Shengwuxue (online) (Computational Molecular Biology) Vol.1 No.3 pp.16-22 (doi: 10.5376/cmb.cn.2012.01.0003)

作为DNA序列的重要组成特征，基因组寡核苷酸使用模式及其偏倚的研究已被广泛应用于原核生物基因组的分析。然而，关于寡核苷酸使用模式的偏倚是否具有种群特异性并反映种群的功能这一问题，尚未阐明。我们基于一阶马尔可夫链模型，提出了一个度量寡核苷酸使用模式偏倚的新指标——基因组三核苷酸(trinucleotide, tri-)转移概率偏倚(transition probability bias, TPB)特征向量，或称之为三核苷酸转移·概率最大偏倚分布，并分析比较了727条有代表性的原核生物基因组序列tri-TPB特征向量。结果表明，基因组tri-TPB特征向量具有物种特异性，亲缘关系越近的物种，它们的tri-TPB特征向量越相似；同种内之不同菌株具有几乎完全相同的tri-TPB特征向量，并且不依赖于基因组的GC含量；此外，基因组tri-TPB特征向量的相似性与菌株的致病性特征相关。本研究结果为基于全基因组寡核苷酸组成和分布信息的物种及其致病性进化分析提供了新的思路和方法。

原核生物；三核苷酸转移概率偏倚；分子进化；物种特异性；致病性