张洁^1,2 , 黎建辉^1,2 , 宣佳^1,2 , 蔡仁祥^1,2

1浙江农林大学暨阳学院生命科学研究所, 诸暨, 311800;
2诸暨市翠溪生物技术研究院, 诸暨, 311800
作者    通讯作者
基因组学与生物技术, 2020 年, 第 9 卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2020年04月18日    接受日期: 2020年04月21日    发表日期: 2020年04月22日

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黑麦是禾本科黑麦属的一种禾谷类作物，拉丁学名为Secale cereale L.，是欧洲人民日常主食面包的主要原料，特别是在中世纪时期。相比于小麦和大麦在全基因组测序方面获得了较高质量的基因组数据，黑麦的基因组测序则进展较慢。最近Technical University of Munich等多家科研单位采用全基因组霰弹枪测序法，从头组装全长约为7.9 Gbp的冬黑麦自交系Lo7基因组，并绘制总长度为2.8 Gbp的全基因组草图序列。基于基因组草图的同源性，该基因组组装预测了27 784个黑麦基因模型。通过重新测序10个黑麦自交系和一个野生黑麦品种Secale vavilovii，发现了8 626 622个单核苷酸变异(SNV)。基于这些变异标记，研究人员开发了一个包含600 843标记的高密度Rye600k基因分型阵列，用于表征黑麦育种库和遗传资源的多样性。

黑麦；黑麦属；基因组；单核苷酸变异；Rye600k基因分型阵列