刘朋虎 , 邓优锦 , 江玉姬 , 谢宝贵 , 王海英 , 章小寅

福建农林大学菌物研究中心, 福州市, 350002
作者    通讯作者
基因组学与生物技术, 2012 年, 第 1卷, 第 3 篇   doi: 10.5376/gb.cn.2012.01.0003
收稿日期: 2012年02月22日    接受日期: 2012年05月15日    发表日期: 2012年05月18日

本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》(2012年第31卷第2期147-153页)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

引用格式(中文)：
刘朋虎等, 2012, 草菇菌丝体与原基差异表达基因分析, 基因组学与生物技术(online) Vol.1 No.3 pp.14-21 (doi: 10.5376/gb. cn.2012.01.0003)
引用格式(英文)：
Liu et al., 2012, Analysis of Differentially Expressed Genes between Mycelium and Primordium of Paddy Straw Mushroom (Volvariella volvacea), Jiyinzuxue Yu Shengwujishu (online) Vol.1 No.3 pp.14-21 (doi: 10.5376/gb.cn.2012.01.0003)
 

采用Solexa测序技术，对草菇菌丝体和原基进行了数字基因表达谱(DGE)测序，在菌丝体和原基文库中分别得到5 701 781和5 659 262个高质量测序标签(clean tags)，对应的标签种数(distinct clean tags)分别为85 626、95 363。将所有高质量测序标签与参考基因库进行比对，在菌丝体和原基文库中，占标签种数的43.32%和52.57% 的标签可以唯一定位(map)到参考序列上，占标签种数的21.65%和21.47%的标签可以被定位到基因组序列上。最终，被菌丝体和原基标签唯一定位的基因数(unambiguous tag-mapped genes)分别为14 794、15 534。差异基因分析显示，两个文库中共有显著性差异表达的基因4 163个，其中在原基中上调、下调的基因数分别为2 486和1 677，只在原基中表达的基因321个。经过Blastnr比对，在原基中特异表达的基因，涉及蛋白质(氨基酸)合成与代谢、糖代谢、脂类代谢和抗逆反应等多个代谢途径。GO功能富集分析结果表明，葡萄糖、己糖和乙醇等代谢途径大部分基因下调表达。Pathway功能富集分析结果表明，合成核糖体蛋白的基因均下调表达，表明原基形成时细胞代谢减弱，蛋白质合成量减小。

草菇；子实体形成；数字基因表达谱；差异表达基因