崔亚² , 朱俊子² , 周倩^1,2 , 高必达^1,2

1湖南农业大学植物疾病控制与利用湖南省高校重点实验室, 长沙, 410128;
2湖南农业大学生物信息系, 长沙, 410128
作者    通讯作者
基因组学与生物技术, 2012 年, 第 1卷, 第 5 篇   doi: 10.5376/gb.cn.2012.01.0005
收稿日期: 2010年03月14日    接受日期: 2012年06月23日    发表日期: 2012年06月27日

本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》(2012年第31卷第2 期160-166页)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

 引用格式(中文)：
崔亚等, 2012, 水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析, 基因组学与生物技术(online) Vol.1No.5.pp.27-33 (doi:10.5376/gb.cn.2012.01.0005)
引用格式(英文)：
Cui et al., 2012, Sequence Analysis of Genome Segment S10 of Hunan Dingcheng Isolate of Southern Rice Black-Streaked Dwarf Virus, Jiyinzuxue Yu Shengwu Jishu (online) Vol.1 No.5 pp.27-33(doi:10.5376/gb.cn.20 12.01.0005)

 

运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus, SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNYY S10)，并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示，SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1 797 bp (登录号: JQ337964)，含有一个ORF，编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白，推测分子量约62.6 kD，推测等电点为7.62，与已报道的广东、海南、云南分离物病毒的S10作比较，它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%、98.4%，氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%、99.3%。对SRBSDV-HuNDC S10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5'URT与3'URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳，对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找，得到该属(Fijiviruses)氨基酸序列的10个保守区段。此外，进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测，发现了三个可能的N端豆蔻酰基化位点，可能与病毒的侵染机制有关。

南方水稻黑条矮缩病毒；S10片段；基因组序列分析