传统的沙门氏菌检测方法是以表面抗原为基础，依靠生化反应和血清学实验进行检测(Shen et al., 2011)，具有检测周期长、所需试剂繁多、费时、敏感性低等缺陷。随着分子生物学技术的不断发展和进步，针对沙门氏菌开展的快速检测方法得到迅速发展，现代分子生物学技术如核酸杂交技术、限制性片段长度多态性分析(RFLP)、核苷酸序列分析、聚合酶链式反应(PCR)技术等，已经在沙门氏菌的准确、快速检测和鉴定中起重要的作用。

应用PCR技术检测沙门氏菌，主要集中在快速检测体系的建立、检测灵敏度的提高上，其核心是选择被检目标基因。本文概述了PCR技术在检测沙门氏菌过程中目标基因的选择、存在的问题以及其它检测沙门氏菌的技术与手段。

1沙门氏菌被检目标基因选择及PCR检测实例
沙门氏菌的检测可以通过对多种特定基因的PCR检测，如编码O抗原基因，编码H抗原基因，编码vi抗原的基因，与沙门氏菌致病性有关的基因以及其它基因等，根据检测目的，可选择对不同基因进行检测，从而达到在不同水平上检测和鉴定沙门氏菌。

1.1沙门氏菌属的检测
1.1.1编码组氨酸操纵子基因的检测
组氨酸操纵子是细菌中控制组氨酸降解为可利用碳源和氮源的遗传单位。黄金林等(2002)根据沙门氏菌组氨酸转运操纵子基因序列设计PCR引物，成功扩增出 495 bp的沙门氏菌特异条带，从而建立了应用 PCR进行沙门氏菌快速检测的方法，并研制成适合临床应用的检测试剂盒，通过对粪便、水、饲料和 畜产品等样品的沙门氏菌检测，与传统检测方法的特异性和敏感性一致。陈晓玲等(2009)利用组氨酸转运操纵子基因序列设计PCR引物，对PCR快速检测沙门氏菌进行了研究，能有效检测核酸最低起始量为129 ng。

1.1.2 invA基因簇的检测
Cocolin等(1998)设计了一对PCR引物，扩增invA基因， 对食品中的沙门氏菌进行检测，被检的75份样品阳性反应与传统检测方法结果一致，证明了PCR可作为一种有效的沙门氏菌检测方法。王军等(1999)利用该基因保守序列设计PCR引物，扩增产物为284 bp特异性DNA片段，对粪便样品进行检测，与传统的细菌培养法相比，沙门氏菌检出率更高，其实验结果表明PCR技术用于沙门氏菌肠炎诊断，具有简便、快速、敏感等优点。

1.1.3 hilA基因的检测
Guo等(2000)设计一对PCR引物对hilA基因进行检测，结果表明PCR检测沙门氏菌灵敏度高，特异性强，可用于快速检测新鲜农产品中的沙门氏菌。张敬平等(2008)针对hilA基因设计引物，对沙门氏菌和非沙门氏菌进行特异性PCR扩增，结果检测沙门菌株和模拟样品均出现特异性扩增条带与实际相符。该方法具有简单、迅速、特异性好和敏感性高的特点。

1.1.4对肠毒素基因stn的检测
Stn基因是鼠伤寒沙门氏菌感染机制中一个较为重要的毒力因子。钟伟军等(2008)根据stn基因的核苷酸序列设计了一对引物和荧光探针，通过对反应体系和反应条件的摸索，建立了检测沙门氏菌的核酸荧光定量PCR法，该方法能特异和敏感检测出沙门氏菌。

1.1.5对hns基因的检测
陈建辉等(2009, 海峡预防医学杂志, 15(31): 55-57)针对hns与invA基因序列合成2对PCR引物，检测沙门氏菌标准菌株和其它菌属的菌株，并对临床分离株137株进行验证，结果沙门氏菌标准菌株hns和invA基因均为阳性，137株沙门氏菌临床分离株hns和invA基因的阳性率分别为100%和99.3%，其它菌属的菌株无特异性条带。

1.1.7对编码I型菌毛主要基因fimA的检测
沙门氏菌I型菌毛亚单元主要由fimA基因编码，Cohen等(1996)针对fimA基因设计引物对食品中的沙门氏菌进行了检测。文钧等(1995, 中华流行病学杂志, 16(3): 186)用一对寡核苷酸引物扩增沙门氏菌的鞭毛素基因fimA，将沙门氏菌的检测时间减少至5 h，同时保持了敏感性和特异性高的优点。 
 
1.1.8对16 SrRNA、23 SrRNA基因的检测
李君文等(2000)以16 SrRNA基因为模板设计了一对特异性引物，经过优化反应条件，使沙门氏菌检测的敏感性达到3~5 cfu。Trkov和Avguštin (2003)基于16 SrRNA设计引物，使检测沙门氏菌特异性更好，对沙门氏菌和非沙门氏菌进行了检测，结果78株沙门氏菌均为阳性，23株非沙门氏菌包括变形杆菌都为阴性。Chiu等(2005)对16 SrRNA~23 SrRNA内转录间隔区基因进行序列分析并设计出检测沙门氏菌的PCR引物，对沙门氏菌和非沙门氏菌进行检测，结果表明，沙门氏菌均可以在312 bp处扩增出目的条带,非沙门氏菌全为阴性。经过8 h的前增菌，PCR的检出限可以达到1~9 CFU/g。

1.2对沙门氏菌特定血清群检测
1.2.1对rfb基因的检测
Luk等(1993)分别设计引物，对沙门氏菌rfbJ和rfbS基因序列进行检测，从而检测A、B、C2、D群沙门氏菌。Shah等(2005) 利用鸡沙门氏菌和雏沙门氏菌rfbS基因核苷酸的多态性，PCR扩增出rfbS血清型特异性多态序列，从而成功检测出鸡沙门氏菌和雏沙门氏菌。  

1.2.2对特定血清群基因的分子分析
Fitzgerald等(2003)对沙门氏菌血清群O:6,14抗原基因族rfb进行了分子分析，并建立了血清组特异性PCR分析方法，从而提供了灵敏、特异性的快速检测O:6,14血清群沙门氏菌的方法。Fitzgerald等(2006)还通过对编码沙门氏菌O17和O18抗原蛋白基因rfb的位点进行了序列分析，建立了灵敏、特异、快速识别沙门氏菌血清群O17和O18。

1.2.3对编码沙门氏菌毒性质粒相关的毒力因子基因的检测
沙门氏菌的质粒既编码毒力因子，又参与编码调控蛋白，控制毒力因子的产生。Mahon 和Lax (1993)特异性检测到具有spvR基因的沙门氏菌。

1.3对沙门氏菌血清型的检测
1.3.1对编码H1相抗原的fliC基因的检测
Wei和Joys (1985)对检测出的fliC基因序列进行分析，发现两个保守性100%的区域和一个伤寒沙门氏菌特有的区域，李景鹏等(1997)设计引物对fliC基因的保守区进行扩增，特异性的检测了沙门氏菌。Sonne-Hansen和Jenabian  (2005)利用沙门氏菌编码H1的鞭毛蛋白fliC基因的可变性，对96株沙门氏菌进行了检测，结果表明，传统血清分型方法确定为不可分型的菌株，采用序列分型技术分型是一个很好的选择。

1.3.2对编码Vi (Virulenee)抗原基因的检测
Vi抗原与沙门氏菌的毒力有关，伤寒沙门氏菌的Vi抗原表达由基因ViaA和ViaB决定，ViaB基因的功能是编码Vi多糖的结构基因。对编码vi抗原基因的检测，可以对具有vi抗原的特定血清型沙门氏菌的检测。Baker等(2005)对60株伤寒沙门氏菌和48个伤寒病人的血样的进行了Vi抗原基因的PCR检测，被检的48个血样中有42个PCR检测结果为阳性伤寒沙门氏菌。这一结果表明，可以通过PCR对伤寒病人的vi抗原基因的检测，达到对已经接种伤寒疫苗地区伤寒发病率的监测。

1.3.3多种抗原相结合确定沙门氏菌血清型
Song等(1993)利用伤寒沙门菌的H抗原和Vi抗原基因引物作PCR扩增检测伤寒沙门菌，结果两种基因扩增都有较高特异性和敏感性，可提高伤寒病的诊断率，使该病得到快速诊断和早期治疗。Hirose等(2002)根据编码O、H和vi抗原的基因tyv(rfbE)、prt(rfbS)、fliC-d、fliC-a和viaB，快速准确的检测出临床症状为伤寒和副伤寒的血清型菌株。Lim等(2003)通过同时扩增rfbJ、fliC和fljB基因检测出鼠伤寒沙门氏菌。

1.3.4 16 SrRNA、23 SrRNA保守序列的检测
Lagatolla等(1996)通过对16 SrRNA、23 S rRNA保守序列的PCR扩增，可以区分不同的血清型的沙门氏菌。

2 PCR引物设计特异性问题
PCR检测沙门氏菌存在的主要问题是引物特异性的问题，引物特异性低常导致误检、漏检。Rahn等(1992)针对invA基因设计的一对引物扩增片段大小为284 bp，但有非目的片段扩增出来，显然是特异性不够好；Fluit等(1993)设计的引物对很多种细菌均扩增出多条非特异性条带；Kwang等(1996)设计的引物对普通变形杆菌和蜂窝哈夫尼亚菌也可扩增出非特异性条带；Malomy等(2003)比较了沙门氏菌属PCR扩增常用的4对引物，结果发现其中三对引物存在的漏检问题。仅仅根据电泳扩增条带的结果很可能造成误判，需进一步的实验验证。因此，应用PCR技术检测沙门氏菌对设计的引物要进行必要的验证。

3改进的沙门氏菌PCR检测方法
引物的设计应具有特异性，但是要找到一对完全符合要求特异性基因并非易事，传统PCR还存在其他方面的不足，为此，许多改进的PCR检测方法发展起来。

3.1实时荧光定量PCR检测
Daum等(2002) 建立了荧光PCR对食物中毒患者的粪便和剩菜作了检测，结果表明与传统方法检测的结果一致，并且利用Taqman PCR法在3 h内检测出肌肉中的沙门氏菌，从而证明了荧光PCR的时效性和准确性。张贻庆(2006, 中国卫生检验杂志, 16(7): 874-874)利用荧光探针与PC检测相结合，对食物中毒病原菌进行检测，结果可在2小时内得出结果，同时还对病原菌作了定量分析。

3.2多重PCR检测
邵碧英等(2007)建立了沙门氏菌属特异基因hut基因(495 bp)、hilA基因(490 bp)、invA基因(284 bp)和hns基因(152 bp)间的多重PCR检测方法，并进行了灵敏度测试，结果表明，建立的多重PCR检测结果与预期一致。

3.3随机扩增多态性DAN检测
Nair等(2000) 利用RFLP技术在内的3种手段分别检测了来自不同国家的6株伤寒沙门菌，结果其它2种分型方法都显示6株细菌为同一基因型，而AFLP却检测到不同的基因型，从而表明了RFLP技术的优越性。Shabarinath等(2007) 在对14株同种血清型的沙门氏菌菌株进行RAPD指纹分析时，发现所有的血清型都具有独特RAPD指纹图，RAPD在菌株遗传变异的区分上是一个强有力的工具，是其它方法不可比拟的。 

3.4免疫捕捉PCR (Immunocapture PCR)检测
张体银等(2009)采用免疫捕捉--通用引物PCR (IC-UPPCR)检测食品中沙门氏菌，以细菌16S rRNA基因保守区设计特异性引物，结果表明该方法具有简单、快速、特异性好和敏感性高等特点，并可满足大批样品沙门氏菌筛选检测的要求，适用于食品卫生监管、商品检验检疫以及临床诊断等领域。

3.5免疫磁珠分离PCR(IMS-PCR)检测
王晓闻和杨永莉(2009)将免疫磁珠捕获的沙门氏菌用于PCR检测，此方法操作简便，用时短，检出率高。免疫磁珠捕获PCR技术检测牛乳中的沙门氏菌，检测灵敏度为9 cfu/mL，所用时间共7 h，使PCR检测沙门氏菌的灵敏度和时效性方面有了很大的提高。

4结语
PCR技术检测沙门氏菌具有快速、准确等是实用的价值，尤其是近年在传统PCR技术发展起来的荧光定量PCR技术，在缩短检出时间，提高检出率方面显示出更大的优势。但是分子生物学方法在检测的准确性上的误差仍然存在，与其它方法的联合使用，将是未来发展的方向。在具体实践和科研工作中，应根据检测的目标需要，选择合适的被检目标基因、适合的联合检测的方法，以进一步提高沙门氏菌的检出率、灵敏度，缩短检出时间。

作者贡献
沈兰、王锐平完成文献调研、论文初稿写作。庞贤鹏协论文写作及修改。王锐平、史海涛指导研究生工作、修改并定稿本论文。全体作者均阅读了本文并同意论文全部内容。

致谢
本研究由国家自然科学基金重大国际合作项目(30910103916)资助，特此致谢。

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