许莹修

江苏省农业科学院经济作物研究所生物信息项目组, 农业部长江下游棉花和油菜重点实验室(南京), 南京, 210014
作者    通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2013 年, 第 11卷, 第 25 篇   doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.0025
收稿日期: 2013年06月24日    接受日期: 2013年06月26日    发表日期: 2013年08月08日

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推荐引用：

引用格式(中文)：
许莹修, 2013, 番茄基因组逆转座子的鉴定与演化分析, 分子植物育种(online), 11(25): 1181-1189 (doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.0025)
引用格式(英文)：
Xu Y.X., 2013, Genome-scale Identification and Evolutionary Analysis of LTR Retrotransposons in Tomato, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding), 11(25): 1181-1189 (doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.0025)

逆转座子是真核生物特别是高等植物基因组的重要组分，对其演化起到关键作用。为了解析逆转座子在番茄基因组中的分布及其在基因组进化中的作用，采用结构分析和同源比较方法从全基因组水平鉴定了栽培番茄的LTR逆转座子，得到15 036个逆转座元件，共86.01 Mb，占测序序列的11.02%。将这些元件分为330个家族，其中copia类的182个家族，gypsy类80个。完整转座元件的转座时间在2.5 MYA 时间处于高峰，比大豆、玉米等逆转座元件整体古老。比较栽培番茄与野生醋栗番茄中完整转座子的时空分布发现栽培番茄(Solanum lycopersicum)与野生番茄(Solanum pimpinellifolium)在最近的时间段内(25万年以内)产生了较明显的分化。有930 个逆转座元件插入到基因序列附近或内部，可能在物种演化中起到了重要作用。

逆转座子；逆转座元件；分布；基因组; 演化