研究报告/Research Report

铝胁迫下八仙花ABC转运蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析  

海霞 , 王暄 , 许璐
湖南农业大学园艺学院, 湖南省中亚热带优质花木繁育与利用工程技术研究中心, 长沙, 410128
作者    通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2020 年, 第 18卷, 第 49 篇   
收稿日期: 2020年11月04日    接受日期: 2020年11月04日    发表日期: 2020年11月04日
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本文首次发表在 《分子植物育种》(ISSN1672-416X,CN46-1068/S)上。现依据版权所有人授权的许可协议,采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权,再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。
推荐引用:

陈海霞, 王暄, 许璐, 2020, 铝胁迫下八仙花ABC转运蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析, 分子植物育种(网络版), 18(49): 1-12 (doi: 10.5376/mpb.cn.2020.18.0049) (Chen H.X., Wang X., and Xu L., 2020, Identification and bioinformatics analysis of ABC transporter gene family in hydrangea under aluminum stress, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding (online)), 18(49): 1-12 (doi: 10.5376/mpb.cn.2020.18.0049))

摘 要

ABC转运蛋白是一类广泛存在于原核和真核生物中的跨膜运输蛋白,参与植物信号转导、次生代谢物运输和非生物胁迫响应等过程。本研究基于八仙花转录组数据,利用生物信息学分析方法对铝胁迫下ABC转运蛋白基因家族成员、理化性质、基因结构、系统发育以及基因表达模式进行分析。结果表明八仙花ABC转运蛋白基因家族包括48个成员,分别属于7个亚家族,其中C亚家族成员最多;亚细胞定位结果显示50%的家族成员位于质膜上;理化性质和结构域分析显示绝大多数为疏水性蛋白,不同亚家族均具有特异的保守基序,但是motif1和motif2存在所有八仙花ABC转运蛋白中;将拟南芥129个ABC转运蛋白构建系统发育树,这48个八仙花的ABC转运蛋白分别聚在拟南芥的7个ABC亚家族中。表达谱分析结果发现,铝胁迫处理后HmABCA1、HmABCC1、HmABCC6、HmABCC14和HmABCD1基因在根部上调表达,仅HmABCG1基因在叶片中上调表达。该研究结果为进一步研究八仙花ABC转运蛋白基因的耐铝功能和表达调控提供了参考。

关键词
八仙花;耐铝性;ABC转运蛋白基因;生物信息学
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    0.625
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《分子植物育种》网络版
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