李若愚² , 张小丹⁴ , 马昕怡³ , 郭瑞¹ , 颜少宾¹ , 金光¹ , 周平¹

1福建省农业科学院果树研究所, 福州, 350013;
2福建农林大学农学院, 福州, 350002;
3福建农林大学生命科学学院, 福州, 350002;
4伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校, 厄巴纳, IL61801
作者    通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2020 年, 第 18卷, 第 50 篇   
收稿日期: 2020年11月04日    接受日期: 2020年11月04日    发表日期: 2020年11月04日

本文首次发表在 《分子植物育种》(ISSN1672-416X，CN46-1068/S)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

李若愚, 张小丹, 马昕怡, 郭瑞, 颜少宾, 金光, 周平, 2020, 桃基因密码子使用模式及其偏好性分析, 分子植物育种 (网络版) 18(50): 1-9 (doi: 10.5376/mpb.cn.2020.18.0050) (Li R.Y., Zhang X.D., Ma X.Y., Guo R., Yan S.B., Jin G., and Zhou P., 2020, Analyses of codon usage patterns and codon usage bias in peach (Prunus persica), Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding (online)), 18(50): 1-9 (doi: 10.5376/mpb.cn.2020.18.0050))

为深入研究桃密码子使用特征，本研究基于桃(Prunus persica)基因组26 873个注释基因编码序列的GC含量特征、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)等参数的计算，统计分析了桃基因组密码子的偏好性及其密码子使用模式。分析结果表明桃密码子使用具有偏好性，61个密码子中存在4个密码子TCA，ACA，GCA，GAA为桃最优密码子，它们均以A结尾。进一步统计桃与其它9种近缘蔷薇科植物的密码子使用频率，发现近缘种属的密码子使用规律具有一定相似性。研究同时发现桃基因组tRNA基因拷贝数与氨基酸及特定密码子的出现频度呈正相关。这些结果揭示了桃基因组密码子的使用模式，为相关密码子使用机制研究及基因工程改良提供了重要的参考。

桃；密码子使用模式；密码子使用偏好性