研究报告/Research Report
山东主要栽培苹果基因组重测序及SNP芯片位点挖掘 
段乃彬1 
,
马玉敏1 
,
王坤2 ,
王效睦1 ,
谢坤1 ,
白静1 ,
杨永义1 ,
蒲艳艳1 ,
宫永超1
,
马玉敏1 ,
王坤2 ,
王效睦1 ,
谢坤1 ,
白静1 ,
杨永义1 ,
蒲艳艳1 ,
宫永超1
1山东省农作物种质资源中心, 济南, 250101;
2中国农业科学院果树研究所, 兴城, 125100
作者 通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2020 年, 第 18卷, 第 53 篇
收稿日期: 2020年11月19日 接受日期: 2020年11月20日 发表日期: 2020年11月27日
2中国农业科学院果树研究所, 兴城, 125100
作者 通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2020 年, 第 18卷, 第 53 篇
收稿日期: 2020年11月19日 接受日期: 2020年11月20日 发表日期: 2020年11月27日
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本文首次发表在 《分子植物育种》(ISSN1672-416X，CN46-1068/S)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。
推荐引用：
段乃彬, 马玉敏, 王坤, 王效睦, 谢坤, 白静, 杨永义, 蒲艳艳, 宫永超, 2020, 山东主要栽培苹果基因组重测序及SNP 芯片位点挖掘, 分子植物育种(网络版), 18(53): 1-11 (doi: 10.5376/mpb.cn.2020.18.0053) (Duan N.B., Ma Y.M., Wang K., Wang X.M.,Xie K., Bai J., Yang Y.Y., Pu Y.Y., and Gong Y.C., 2020, SNP mining by genome resequencing of 30 apple varieties in Shandong Province, Fengzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding (online)), 18(53): 1-11 (doi: 10.5376/mpb.cn.2020.18.0053))
摘 要
为促进苹果品种快速鉴定、种质资源评价及选择利用，本研究对山东省31个栽培苹果开展了重测序及SNP位点挖掘研究。样品经Hiseq 4000平台建库测序，净数据量为363 G。平均样品覆盖度达到16.29×；充分满足重测序分析及SNP位点挖掘的需要。错配率比较试验发现随着错配率逐渐升高，比对率逐渐升高至饱和。其中总比对率、成对数据比对率及单端数据比对率与错配率呈现显著相关，均符合一元四阶方程(回归系数R>0.99)。随着错配率提高，比对严谨度降低；基因组覆盖度逐渐升高，杂合位点准确度逐渐提高。采用两种算法所得到的位点，根据‘染色体+位点信息’作为特征值取交集，得到高可靠的单碱基SNP位点数据集：共检测到374 404个变异，平均每隔1 896个位点能够检测到一个变异，桑格验证试验准确度高达98.1%。SNP的功能注释分析结果显示在全部373 763个位点中有143 269个(38.27%)位于基因间区，25 047个(6.7%)位于基因编码区，179 426个(47.92%)位于基因上游-下游的2 kb区域。在所有编码区SNP里面，有13 422个是非同义变异位点，11 625个是同义变异位点。两种SNP比率为1.15：1。进一步利用过滤的4DTV位点，采用邻接算法构建的聚类分析结果符合我省栽培苹果分类的趋势。
关键词
栽培苹果；重测序；SNP位点开发
