研究报告/Research Report
观赏樱属植物基因组SSR分子标记开发及鉴定 
李水根1 
,
关媛2 ,
李秀芬1 ,
朱继军3 ,
李记开1 
,
朱建军1
,
关媛2 ,
李秀芬1 ,
朱继军3 ,
李记开1 ,
朱建军1
1上海市农业科学院林木果树研究所, 上海, 201403;
2上海市农业科学院作物育种栽培研究所, 上海, 201403;
3上海植物园,上海, 200231
作者 通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2021 年, 第 19卷, 第 10 篇
收稿日期: 2021年03月05日 接受日期: 2021年03月12日 发表日期: 2021年03月12日
2上海市农业科学院作物育种栽培研究所, 上海, 201403;
3上海植物园,上海, 200231
作者 通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2021 年, 第 19卷, 第 10 篇
收稿日期: 2021年03月05日 接受日期: 2021年03月12日 发表日期: 2021年03月12日
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本文首次发表在 《分子植物育种》(ISSN1672-416X，CN46-1068/S)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。
推荐引用：
李水根, 关媛, 李秀芬, 朱继军, 李记开, 朱建军, 2021, 观赏樱属植物基因组SSR 分子标记开发及鉴定, 分子植物育种(网络版), 19(10): 1-10 (doi: 10.5376/mpb.cn.2021.19.0010) (Li S.G., Guan Y.A., Li X.F., Zhu J.J., Li J.K., and Zhu J.J., 2021, Development and characterization of genome-SSR markers in flowering cherries, Fengzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding (online)), 19(10): 1-10 (doi: 10.5376/mpb.cn.2021.19.0010))
摘 要
为了开发樱属植物的基因组SSR (简单重复序列)分子标记，本研究在IlluminaNovaSeq PE平台上进行喜马拉雅樱花(Cerasus cerasoides)基因组序列勘测。利用Perl脚本MISA识别微卫星序列，并随机合成100对引物进行引物多态性筛选。选择易扩增、多态性高的引物，采用荧光标记毛细管电泳法在45种樱属植物中进行检测和遗传多样性分析。结果表明，喜马拉雅樱花基因组共存在113 571个SSR位点(≥5个重复)，其中包含53.31%单核苷酸基序，36.64%二核苷酸基序，其余基序类型占比10%。在此基础上共筛选出21个SSR标记，并将其用于观赏樱属植物的遗传多态性评估，结果共检测到215个等位基因，平均每个位点10.24个等位基因，平均杂合度为0.38。采用SSR标记构建的进化树较好地反应了45种供试樱属植物之间的亲缘关系。本研究开发了全新的樱花基因组SSR分子标记，可用于樱属植物的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。
关键词
喜马拉雅樱花；基因组SSR；微卫星；分子标记；遗传多样性
