罗永坚^1,2 , 刘瑞曦^1,2 , 王茹^1,2 , 刘相泉^1,2 , 熊莉军³ , 李吉涛^1,2 , 邓志军^1,2

1生物资源保护与利用湖北省重点实验室, 湖北民族大学, 湖北恩施, 445000;
2恩施州特色植物资源种质工程技术研究中心, 湖北民族大学, 湖北恩施 445000;
3湖北省恩施土家族苗族自治州气象局, 湖北恩施, 445000
作者    通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2021 年, 第 19卷, 第 44 篇   
收稿日期: 2021年05月23日    接受日期: 2021年08月04日    发表日期: 2021年08月11日

本文首次发表在 《分子植物育种》(ISSN1672-416X，CN46-1068/S)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

WRKY蛋白是高等植物中转录因子家族的成员，在植物生长过程中参与重要的调控作用。为探究WRKY基因家族在小豆基因组中的特征，本研究利用生物信息学工具进行分析。结果显示：小豆中鉴定得到88个WRKY基因，编码氨基酸长度为97～1339aa，等电点为10.6～4.64，均定位在细胞核内，二级结构主要为无规则卷曲;通过小豆与拟南芥、桉树、水稻进行系统发育分析发现，该基因家族可分为五大类;该基因家族在小豆染色体上呈不均匀分布，8号染色体最少仅含有2个基因；外显子数量在 2～6个不等，WRKY蛋白保守motif不同亚家族间差异较大；上游启动子序列中含有多个同非生物胁迫以及生长发育相关元件，GO注释分析进一步证实了WRKY主要参与转录调控；小豆内部有32对共线性基因，与水稻、玉米、桉树、拟南芥共线性基因个数分别为16、8、39、55; 通过蛋白质互作网络分析，该蛋白家族不仅成员之间可以发生互作，还与其他蛋白互作；基于RNA-seq的表达分析结果表明，小豆WRKY基因家族在多个组织表达，部分基因在叶片、顶端、花、根、根瘤中存在高表达。本研究对小豆WRKY基因家族进行鉴定和分析，为进一步探究小豆WRKY转录因子的功能、进化以及分子育种具有重要的现实意义。

赤豆；WRKY；GO注释；共线性；蛋白互作网络；生物信息学