1.青岛市农业科学研究院/农业部黄淮海作物遗传改良与生物技术重点开放实验室, 青岛, 266100
2.中国农业科学院烟草研究所/中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室, 青岛, 266101
作者 通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2011 年, 第 9卷, 第 48 篇 doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0048
收稿日期: 2011年03月10日 接受日期: 2011年04月13日 发表日期: 2011年04月21日
2.中国农业科学院烟草研究所/中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室, 青岛, 266101
作者 通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2011 年, 第 9卷, 第 48 篇 doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0048
收稿日期: 2011年03月10日 接受日期: 2011年04月13日 发表日期: 2011年04月21日
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推荐引用:
盖红梅等, 2011, SSR数据处理宏程序DataTrans 1.0, 分子植物育种 Vol.9 No.48 (doi: 10.5376/mpb.cn.2011.09.0048)
摘 要
随着群体遗传学研究的不断深入和高通量基因分型技术的成功实施,越来越多的研究需要处理大量的SSR数据。而原始数据格式往往与不同分析软件的输入格式之间存在较大差别,由此,SSR数据前期处理日益成为数据分析过程中的限速步骤。为此,本研究应用Excel的VBA语言开发了一套进行SSR数据处理的宏程序DataTrans1.0。该程序可以实现由原始的bp数据,转换为Ntsys软件需要的0, 1格式、Popgene软件需要的基因型格式及PowerMarker、Structure和Tassel等软件的输入格式;还可以实现由0, 1数据转换为Popgene软件需要的基因型格式。与人工转换相比,DataTrans 1.0大大提高了数据转换的效率和准确性,是广大群体遗传学和基因组学研究人员不可或缺的重要桥梁工具。
关键词
SSR;数据处理;数据转换;Excel宏