周长品 , 李发根 , 翁启杰 , 于晓丽 , 李梅 , 甘四明

中国林业科学研究院热带林业研究所, 广州, 510520
作者    通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2010 年, 第 8卷, 第 1 篇   doi: 10.5376/mpb.cn.2010.08.0001
收稿日期: 2010年07月12日    接受日期: 2010年09月10日    发表日期: 2010年09月26日

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推荐引用：

周长品等, 2010, PCR产物直接测序和混合克隆测序进行桉树EST-SSR标记开发, 分子植物育种 Vol.8 No.1 (doi: 10.5376/mpb.cn.2010.08.0001)
 

EST-SSR 标记开发中，合适的测序方案是保障序列质量、控制实验成本和提高实验效率的关键。本研究利用1株细叶桉(P₂) 对 PCR 产物大小不同的32个桉树候选 EST-SSR 标记进行了 PCR 产物直接测序和混合克隆测序的比较。PCR 产物直接测序成功的标记有21个(65.6%)，但有4个标记因简单重复序列邻近测序引物未能确认重复单位数、8个标记因在P₂ 中等位片段长度杂合而在重复单位后面的测序峰图中显示双峰。在8个、16个、24个和全部32个 EST-SSR 对 P₂ 的PCR 产物的混合克隆测序中，测序成功的标记分别为6个(75.0%)、11个(68.8%)、11个(45.8%)和14个(43.8%)。综合考虑克隆转化与测序的效率、成本和时间，推荐16个 PCR 产物为混合克隆测序的最佳数量。本研究中共有27个桉树EST-SSR 标记成功测序，与源 EST 比对的序列一致性介于90.23%和100%之间，包括在 P₂ 中片段长度杂合的标记10个、纯合的17个；在长度纯合的17个标记中，有8个在 P₂ 中存在1个以上的个体内 SNP。

桉树；EST-SSR；直接测序法；混合克隆测序法