段乃彬 , 王俊峰 , 白静 , 谢坤 , 王效睦^*

山东省农业科学院农作物种质资源中心, 济南, 250101
作者    通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2016 年, 第 14卷, 第 2 篇   doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0002
收稿日期: 2016年01月13日    接受日期: 2016年02月20日    发表日期: 2016年02月25日

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推荐引用：

引用格式(中文)：

段乃彬等, 2016, 萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装, 分子植物育种(online), 14(2): 1008-1015 (doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0002)

引用格式(英文)：

Duan et al., 2016, Assembling and Sequencing of Chloroplast and Mitochondrial Genomes of Radish (Raphanus Sativus L), Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding), 14(2): 1008-1015 (doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0002)

为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系，本研究对4个萝卜雄性不育系及1个萝卜雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略，获得Clean data有1.2 G bp。通过数据过滤、计算测序深度及Kmer频度分析，确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Clean data组装叶绿体基因组，再用过滤的数据组装线粒体基因组，最后利用Sanger测序填补Gap来得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153 352~153 445 bp之间，线粒体基因组长度在239 696~258 853 bp之间，均包括1个LSC，1个SSC及1对反向重复序列。基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个tRNA基因及4个rRNA基因，线粒体基因组则编码了82个蛋白基因，17个tRNA基因及3个rRNA基因。

萝卜；线粒体；叶绿体；基因组；测序与组装；Kmer分析