研究报告

利用 SSR 快速鉴别花生杂交 F 1 真伪  

洪彦彬 , 李少雄 , 李杏瑜 , 朱方何 , 梁炫强
广东省农科院作物研究所, 国家油料作物改良中心南方花生分中心, 广州, 510640
作者    通讯作者
豆科基因组学与遗传学, 2012 年, 第 3 卷, 第 6 篇   
收稿日期: 2012年01月04日    接受日期: 2012年01月04日    发表日期: 2012年01月04日
© 2012 BioPublisher 生命科学中文期刊出版平台
本文首次发表在 《分子植物育种》2012 年, 第 10 卷, 第 1 期, 第 110-114 页上。现依据版权所有人授权的许可协议,采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权,再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。
推荐引用:

引用格式(中文):

洪彦彬, 李少雄, 李杏瑜, 朱方何, 梁炫强, 2012, 利用SSR快速鉴别花生杂交F1真伪, 分子植物育种, 10(1): 110-114

引用格式(英文):

Hong Y.B., Li S.X., Li X.Y., Zhu F.H., and Liang X.Q., 2012, Rapidly identifying hybrids of peanut (Arachis Hypogaea L.) using SSR, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 10(1): 110-114

摘要

本研究,我们以6个花生品种为亲本配置杂交组合,田间调查发现亲本间形态表型差异大的杂交F1容易鉴别真伪,而形态表型差异小的则难于鉴别,甚至无法鉴别。为此,我们通过改良Thomson一步法制备DNA模板,建立了一套花生SSR-PCR快速检测体系,并在此基础上利用SSR鉴别花生杂交F1真伪。结果表明,采用Thomson一步法和改良后的一步法提取的DNA模版均能扩展出清晰条带,但改良后制备的DNA模板在4℃下可保存约1个月,未改良的仅能保存一天。利用SSR检测上述群体表明,F1真杂种率为38%~56%,不同亲本间杂交成功率存在差异,同一亲本正反交成功率也存在一定差异。可见,SSR标记用于杂种真伪鉴定具有一定的应用潜力。

关键词
花生(Arachis Hypogaea L.);SSR;杂交种;真伪鉴定

花生(Arachis hypogaeaL.)属严格的自花授粉作物,通过人工操作可进行杂交制种,但成功率不高,容易产生假杂种。长期以来,对花生杂种的真伪鉴别主要依靠田间表型观察。由于花生品种间遗传基础狭窄,形态表型差异较小且不易区分,通过形态表型鉴别杂种真伪难度较大,育种家常因田间鉴定不正确导致育种工作无功而返。许多遗传群体的创建,如回交群体、代换系群体和近等基因系群体,往往要求在苗期完成杂种真伪鉴定,而在苗期株系间、或回交后代间的形态表型差异则更小,用肉眼几乎是无法辨别其杂交后代之真伪。显然,发展一种高效的花生杂种真伪鉴别方法是十分必要的。

DNA分子标记,如RFLP、RADP和AFLP等,是杂交种真伪和品种纯度鉴定有效的手段之一,在水稻、棉花、油菜等作物上已有广泛应用(郭向阳等, 2011; 李景环和云锦凤, 2009; 刘平武等, 2005; 马秀芳等, 2006)。但对花生栽培种而言,由于其较低的DNA多态性导致分子标记在花生上的应用受到限制。近年来,许多研究表明SSR(simple sequence repeats)在花生栽培种中具有较高的遗传多态性,因此,利用SSR分子标记开展花生杂交种鉴定成为可能,已有研究也报道了SSR可有效鉴别花生杂种真伪(陈静等, 2009; 李双铃等, 2009; 张平湖和刘冠明, 2009)。

 

要快捷准确地进行杂种真伪鉴别,除了需要选择合适的DNA标记外,还必须建立一套快速的实验检测体系。以往的检测体系通常包含DNA提取和PCR分析两个环节,显得费时费力。如果能够简化及整合DNA提取过程,直接制备DNA模板进行PCR分析,鉴定过程将明显变得快捷。

 

本研究试图发展一套针对花生这类多糖多酚植物,无需进行DNA单独提取的SSR-PCR快速检测流程,用于鉴别花生杂交F1的真伪,在此基础上系统研究在人工规范操作下花生品种间杂交的成功率。

 

1结果与分析

1.1三种方法制备的DNA模版的SSR-PCR扩增比较

本研究用常规方法、Thomsom一步法以及改良Thomsom一步法制备DNA模版,并进行SSR-PCR分析,结果表明,三种方法均能扩增出清晰的PCR产物。与常规方法制备的DNA模板相比,后两者制备DNA模版扩增的产物条带较暗淡,但其亮度已能满足实验要求(图1)。采用Thomson方法也能扩增出产物,且条带亮度与改良方法相似,但由于缺乏抗氧化剂,该法制备的PCR模板只能在常温下保存数小时,在4℃下保存1d,随后严重褐化,最终无法扩增出产物。而改良方法制备的模板在4℃下最长可保存1个月(数据未列出)。

 

 

图1 三种方法制备的 DNA 模版的 PCR 扩增比较

 

1.2杂交F1种子田间真伪鉴定

粤油101和崖县小粒的形态表型差异明显,其正反交F1形态表型一致,且均与亲本存在较大差异,肉眼容易辨别真伪。经田间鉴定,在F1(粤油101×崖县小粒)中发现伪杂种53株,而在F1(崖县小粒×粤油101)中发现伪杂种62株。粤油223与汕油71的正反交F1形态表型与粤油223较接近,根据形态表型无法完全鉴别杂种真伪。通过仔细观察,最终分别从F1(粤油223×汕油71)和F1(汕油71×粤油223)中鉴别出伪杂种25和42株。由于粤油13和粤油20的形态表型高度相似,且其正反交后代也均与亲本高度相似,根据形态表型根本无法辨别杂种真伪,本研究最终放弃其杂交F1真伪的田间鉴定。

 

1.3 SSR-PCR鉴定真假杂种

利用40对SSR引物检测杂交亲本多态性,结果发现,共有5对引物(pPGSseq17E3, pPGSseq19E9, pPGPseq4G2, pPGPseq7G2和pPGPseq3A1)在粤油101和崖县小粒间检测出多态性,在粤油223和汕油71间检测出多态性的引物有3对(pPGSseq17E3, pPGPseq2G42和pPGPseq8H1),而在粤油13和粤油20间检测出多态性的引物仅1对(pPGSseq18C5)。利用pPGSseq17E3检测F1(粤油223×汕油71, 汕油71×粤油223, 粤油13×粤油20, 粤油20×粤油13)群体单株,根据带型鉴别杂种真伪,同时出现父母本带型的为真杂种,只出现母本带型的为伪杂种(图2)。结果表明,粤油101与崖县小粒的正交F1有47株真杂种,反交F1真杂种比正交少,仅38株。粤油223与汕油71正反交组合F1真杂种率较接近,分别为56%和54%。粤油13与粤油20的正反交结果也较相似,真杂种率分别为53%和54%。比较田间和SSR-PCR鉴定结果发现,田间观察能够准确鉴别F1(粤油101×崖县小粒, 崖县小粒×粤油101)真伪,但F1(粤油223×汕油71)和F1(汕油71×粤油223)分别有19和4株被误判为真杂种。

 

 

图2 引物pPGSseq17E3在亲本粤油101和崖县小粒及其F1的扩增结果

 

1.4不同组合杂交成功率的差异

SSR-PCR检测结果表明,不同组合间杂交成功率存在一定差异(表1)。例如,组合(粤油223+汕油71)的平均杂交成功率与组合(粤油13+粤油20)相似,分别为55%和53.5%,而组合(粤油101+崖县小粒)的平均成功率仅42.5%,小于其他两个组合。另外,同一组合正反交成功率也不完全一致。如崖县小粒×粤油101的成功率仅38%,小于粤油101×崖县小粒(47%)。

 

 

表1 花生F1真假杂种的田间和 SSR 鉴定结果

 

2讨论

尽管田间形态表型观察仍是花生杂种真伪鉴别的主要方法,然而该方法存在不准确的缺点。本研究表明,针对形态表型差异明显的亲本,田间观察能准确鉴别其杂交F1真伪,但对于形态表型较相似的亲本则不然。由于SSR-PCR是从DNA水平上鉴定杂种真伪,具有高度可靠性。因此在作物杂交后代真伪和种子纯度鉴定中有广泛应用。本研究采用的“一步法”极大地简化DNA模板制备流程,从根本上实现SSR-PCR的快速检测,使分子标记鉴定杂种真伪在实际操作中具有可行性。

 

本研究中F1群体真杂种率较低(37%~56%),与品种的开花特性存在一定关系。尽管理论上花生人工杂交成功率可达100%,但实际操作中常由于花器结构小,母本去雄不彻底,导致自交形成伪杂种(陈静等, 2009)。本研究中粤油101与崖县小粒的反交成功率低于正交,可能与崖县小粒花器小,去雄难度大有关。此外,不同组合间杂交成功率存在一定的差异,其中F1(粤油101×崖县小粒)的杂交成功率均低于其他四个组合,这可能与两个品种的其他特性有关,例如花期。崖县小粒的开花时间通常比粤油101迟一周以上。另外,根据多年的杂交经验,影响杂交成功率还包括杂交技术、天气条件。熟练的杂交技术是成功的关键、阴雨天气则会影响授粉的成功率。

 

3材料与方法

3.1材料

以6个花生品种(粤油101, 崖县小粒, 粤油223, 汕油71, 粤油20和粤油13)为亲本(品种由广东农科院作物所种子资源库提供),于2010年春季通过人工杂交获得6个正反交组合的F1杂种,其中F1(粤油101×崖县小粒)种子134粒,F1(崖县小粒×粤油101)种子126粒;F1(粤油223×汕油71)种子150粒,F1(汕油71×粤油223)种子127粒;F1(粤油13×粤油20)种子165粒,F1(粤油20×粤油13)种子138粒。

 

3.2供试材料的田间种植与表型鉴定

2011年3月1日进行田间播种,杂交亲本和F1植株按5行区种植,行距25 cm,株距20 cm。播种时亩施钙镁磷肥25 kg,45%复合肥15 kg,喷施48%毒死蜱100 g水溶液30 kg,覆土、喷施乙草胺除草剂。4月4日追施45%复合肥25 kg,4月29日喷施0.2%磷酸二氢钾亩追施45%复合肥15 kg。由于花生整个生育阶段气候干旱,灌水3次。分别用10%吡虫啉、48%毒死蜱、阿维菌素100克配成500倍液喷施,防治蓟马、蛴螬、斜纹夜蛾,防治虫害4次。随机选取F1单株进行编号挂牌,每个组合选取100株。在成熟期观察F1单株形态表型进行真假杂种判断。

 

3.3 DNA模板制备

本研究采用三种方法制备DNA模板并进行比较。(1)常规方法,参照克拉克等(1998)的方法;(2)Thomson和Henry(1995)的“一步法”。(3)改良Thomson的方法。针对花生叶片的多糖多酚特性,引用Thomson和Henry (1995)的方法中的植物裂解液BufferA配方,增加β-巯基乙醇,使得配方变为:100 mmol/L Tris-HCl,pH8.0;l mol/L KCl,10 mmol/L EDTA,0.1% β-巯基乙醇。剪取3 mm2花生嫩叶,置入1.5 mL离心管,加入100 μL改良后的BufferA,充分震荡,95℃水浴10 min,再次充分震荡,取1 μL上清作为DNA模板用于SSR-PCR扩增。

 

3.4 SSR检测

采用40对花生栽培种基因组SSR引物筛选亲本DNA多态性,引物序列来自Ferguson等(2004)。PCR扩增缓冲液为2×Power Taq PCR Master Mix (Bioteke, 北京, 中国)。PCR程序:94℃ 5 min;94℃ 30 s,55℃ 30 s,72℃ 30 s,35个循环;72℃ 7 min。扩增产物采用6.0%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(电泳槽型号: DYCZ-30 (六一牌, 北京, 中国), 电泳缓冲液1×TBE, 电压150 V, 时间1 h),0.1% AgNO3染色,BIORAD凝胶成像系统观察(洪彦彬等, 2009)。

 

作者贡献

洪彦彬、李少雄、李杏瑜和朱方何是本研究的实验设计和实验研究的执行人;洪彦彬、李少雄完成数据分析,论文初稿的写作;李杏瑜和朱方何参与实验设计,试验结果分析;梁炫强是项目的构思者及负责人,指导实验设计,数据分析,论文写作与修改。全体作者都阅读并同意最终的文本。

 

致谢

本研究由国家自然科学基金项目(30900907, 30971819)、广东省自然科学基金项目(9151007010000001)和粤港关键领域重点突破项目(2008A0242000-09)共同资助。

 

参考文献

Chen J., Hu X.H., Shi Y.Q., Miao R.H., and Yu S.L., 2009, Identification of peanut hybrids (Arachis hypogaea L.) using SSR markers, Henongxue Bao (Acta Agriculturae Nucleatae Sinica), 23(4): 617-620 (陈静, 胡晓辉, 石运庆, 苗华荣, 禹山林, 2009, 花生品种间杂种F1代的SSR标记分析, 核农 学报, 23(4): 617-620)

 

Clark M.S., ed., Gu H.Y., and Zhai L.X., trans., 1998, Plant molecular biology-A laboratory manual, Higher Education Press, Beijing, China, pp.4-12 (克拉克 M.S., 主编, 顾红雅, 翟礼喜, 主译, 1998, 植物分子生物学实验手册, 高等教育 出版社, 中国, 北京, pp.4-12)

 

Ferguson M.E., Burow M.D., Schulze S.R., Bramel P.J., Paterson A.H., Kresovich S., and Mitchell S., 2004, Microsatellite identification and characterization in peanut (A. hypogaea L.), Theor. Appl. Genet., 108(6): 1064-1070

 

Guo X.Y., Chen Z.H., Zhu Y.F., WangA.G., Wu C., and Li J., 2011, Study on identification the purity of maize Qiandan No.16 by SSR marker, Zhongzi (Seed), 30(4): 42-44 (郭向阳, 陈泽 辉, 祝云芳, 王安贵, 邬成, 李娟, 2011, 利用SSR标记鉴定玉米杂交种黔单16号纯度的研究, 种子, 30(4): 42-44)

 

Hong Y.B., Liang X.Q., Chen X.P., Liu H.Y., Zhou G.Y., Li S.X., and Wen S.J., 2009, Construction of genetic linkage map in peanut (Arachis hypogaea L.) cultivars, Zuowu Xuebao (Acta Aaronomic Sinice), 35(3): 395-402 (洪彦彬, 梁炫强, 陈小平, 刘海燕, 周桂元, 李少雄, 温世杰, 2009, 花生栽培种SSR遗传图谱的构建, 作物学报, 35(3): 395-402)

 

Li J.H., and Yun J.F., 2009, Study on purity of hybrid F 1 of Elym us canadensisi and Elym us sibiricus by RAPD, Zhongzi (Seed), 28(11): 65-70 (李景环, 云锦凤, 2009, RAPD 标记法鉴定加拿大披碱草×老芒麦杂种F1纯度的研究, 种子, 28(11): 65-70)

 

Li S.L., Wang H., Ren Y., Shi Y.M., He G.H., Yu S.L., and Yuan M., 2009, Identification of peanut hybrids using SSR marker with fluorescence labeled M13-tailed primer, Huasheng Xuebao (Journal of Peanut Science), 38(4): 35-38 (李双铃, 王辉, 任艳, 石延茂, 何国浩, 禹山林, 袁美, 2009, 利用荧光标记SSR技术鉴定花生 F 1 代杂交种, 花生学报, 38 (4): 35-38)

 

Liu P.W., Zhou G.L., Yang G.S., and Fu T.D., 2005, Fingerprints construction of hybrid parents in Brassica napus and its utilization in hybrid purity test, Zuowu Xuebao (Acta Aaronomic Sinice), 31(5): 640-646 (刘平武, 周国岭, 杨光圣, 傅廷栋, 2005, 双低甘蓝型油菜杂交种亲本指纹图谱构建和杂交种纯度鉴定, 作物学报, 31(5): 640-646)

 

Ma X.F., Hua Z.T., Sui G.M., Hao X.B., Lv G.L., and Wang Z., 2006, Studies on identification of seed purity of japonica hybrid rice in north China using microsatellite markers, Zajiao Shuidao (Hybrid Rice), 21(5): 56-58 (马秀芳, 华泽田, 隋国民, 郝宪彬, 吕桂兰, 王铮, 2006, 利用微卫星标记鉴定北方杂交粳稻种子纯度的研究, 杂交水稻, 21(5): 56-58)

 

Thomson D., and Henry R., 1995, Single-step protocol for prepa- ration of plant tissue for analysis by PCR, Biotechniques, 19 (3): 394-397, 400

 

Zhang P.H., and Liu G.M., 2009, Construction of identification technology program for peanut hybrid with SSR markers, Guangdong Nongye Kexue (Guangdong Agricultural Scien- ces), (10): 49-51 (张平湖, 刘冠明, 2009, 花生杂交F1代真假杂种SSR标记鉴定体系的建立, 广东农业科学, (10): 49-51) 

    2.153
00035
豆科基因组学与遗传学
• 第 3 卷
阅览选项
. PDF(486KB)
. 全文 HTML
读者评论
. 评论
作者的其他论文
.
洪彦彬
.
李少雄
.
李杏瑜
.
朱方何
.
梁炫强
相关论文
.
花生( Arachis Hypogaea L.)
.
SSR
.
杂交种
.
真伪鉴定
服务
. Email 推荐给朋友
. 发表评论