李杏瑜^1,2,3 , 刘颖^1,2,3 , 朱方何^1,2,3 , 洪彦彬^1,2,3 , 刘洪⁴ , 陈小平^1,2,3 , 李海芬^1,2,3 , 梁炫强^1,2,3

1广东省农业科学院作物研究所, 广州, 510640
2国家油料作物改良中心南方花生分中心, 广州, 510640
3广东省农作物遗传改良重点实验室, 广州, 510640
4华南农业大学农学院, 广州, 510642
作者    通讯作者
豆科基因组学与遗传学, 2015 年, 第 6卷, 第 6 篇   
收稿日期: 2015年11月04日    接受日期: 2015年11月04日    发表日期: 2015年11月04日

本文首次发表在 《分子植物育种》2015年，第13卷，第9期上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

引用格式(中文):

李杏瑜, 刘颖, 朱方何, 洪彦彬, 刘洪, 陈小平, 李海芬, 梁炫强, 2015, 扩增子测序结合高分辨率溶解曲线鉴定花生单核苷酸多态, 分子植物育种, 13(9): 1970-1979

引用格式(英文):

Li X.Y., Liu Y., Zhu F.H., Hong Y.B., Liu H., Chen X.P., Li H.F., and Liang X.Q., 2015, Identification and evaluation of Single-nucleotide polymorphisms in peanut (Arachis hypogaea L.) based on amplicon sequencing combined with high resolution melting analysis, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 13(9): 1970-1979

异源四倍体花生(Arachis hypogaea L.)包含两套基因组，分别来自二倍体祖先A. duranensis (A基因组)和A. ipaensis (B基因组)。相对于二倍体，异源四倍体SNP的鉴定和分析面临更多挑战，因为在SNP的鉴定和分析过程中，通常需要同时分析两套基因组中相同位点的DNA序列。本研究以12个花生品种和2个二倍体祖先为材料，通过扩增子重测序EST和GSS (各100条序列)开发SNP。结果共检测出18个EST-SNPs和44个genomic-SNPs，出现频率分别为1 SNP/2577 bp和1 SNP/1011 bp。为了进一步评估和应用所开发的SNP，采用高分辨率溶解曲线方法对96个花生品种进行SNP基因分型。EST-SNP在供试品种中的多态性信息量介于0.021~0.413，平均为0.172。Genomic-SNP的多态性信息量介于0.08~0.478，平均为0.249。本研究表明采用扩增子测序和HRM方法能够从异源四倍体花生中准确鉴定SNP，且所开发的SNP信息量丰富，能够用于花生遗传育种研究。

花生；单核苷酸多态；扩增子；高分辨率溶解曲线