出版社
1 刊登范围
《计算分子生物学》(中文网络版, ISSN 1929-4417)刊登的研究论文都应是在计算分子生物学领域中具有创新意义的最新研究，主要报道生物学数据库的设计、生物系统的建模和仿真、基于结构的药物设计、生物图像、蛋白质结构比对和预测以及生物信息学技术方法的研究等方面的研究论文、研究报告、综述、学术报告、经验交流、学术会议等研究成果。由作者自由投稿，同行评审。
2 投稿要求
2.1 在线投稿
所有稿件主要通过在线投稿系统以电子版形式提交。如果您无法通过我们的在线稿件处理系统投稿，可以直接将稿件提交到《计算分子生物学》的投稿邮箱：edit@cmb.biopublisher.cn，编辑将在5个工作日内处理您的稿件。
在投稿过程中，作者会被要求提交一份投稿附函(cover letter)，用来说明投稿论文的基本情况和特点、研究成果的所有权以及现实意义和潜在价值等。作者提供的文件格式为：Word文件或者RTF富文本格式，原始图表、动画以及原始数据文件等可以以附件形式提交系统。
2.2 通讯作者
来稿中必须注明通讯作者，并提供所有作者所在的工作单位和电子邮件地址。本刊视通讯作者为投稿论文的责任作者，意味着该稿件的通讯作者(corresponding author)接受了这样一个责任：他保证所有的作者都同意在稿件上的署名及其排序，都看过并同意稿件的内容，也同意将其投给《计算分子生物学》。任何署名的改变要有全部原作者签名同意的书面意见。任何索取有关验证报告的试验结果所必需的材料和方法的合理要求都应得到满足。投稿后如通信作者单位发生变动，请务必明确告知编辑部。
来稿应是原创论文且未曾以任何形式发表过。同时，请勿一稿多投。如果论文是再次传播论文，则必须正确引用所有已经发表的信息，非Open Access来源论文，则必须取得授权使用许可。
在发表之前，投稿稿件是编辑部的特权文件，不得向新闻界或大众公开。在个别情况下，如果确有必要在发表之前公布数据，必须与《计算分子生物学》编辑部联系，并获得本刊编委会授权。
3 稿件处理
本刊在全球范围内建立了本专业同行数据库，尤其是那些精通中文的国际知名学者。您的稿件一旦进入《计算分子生物学》稿件处理中心，通过论文题目和关键词的检索，系统将自动推荐3名同行评审专家对您的论文进行评审(详见BioPublisher期刊同行评审政策)。
本刊投稿文章在保证严格的同行评审的条件下，发表周期通常在2~4周。如果您的稿件未能严格按照本刊编写指南要求编写，则发表周期将会延长。如果作者要求，《计算分子生物学》允许作者对论文进行预发表(Provisional publication)，预发表的论文将以HTML形式在线发表。
《计算分子生物学》与其它BioPublisher期刊是相互关联的。您的论文可能不适合在《计算分子生物学》上发表，但并不意味着不合适其它的BioPublisher期刊。如果评审专家认为您的篇稿件具有一定意义和价值但不适合在本刊发表，编委会会推荐到其它BioPublisher主办期刊上发表。您的稿件的同行评审报告依然有效，且不会耽搁稿件处理进程。
4 论文修改
编辑部有权根据版面需要及格式要求对来稿形式进行形式或格式修改，无须事先征求作者意见。
5 论文评审费、处理费及稿酬
《计算分子生物学》所有来稿均接受同行评审过程。本刊实行免收所有出版费用，实行HTML优先与发表。PDF，或者FPDF在HTML发表日期起6个月以后上线，作者需要提前获得PDF格式版本，要求收取120加元的优先处理费（仅限于在线信用卡付款）。欲了解详情，请访问文章发表费用问答。
主管
一、编写框架
本刊刊登的内容都应是在计算分子生物学领域中具有创新意义的最新研究，主要报道生物学数据库的设计、生物系统的建模和仿真、基于结构的药物设计、生物图像、蛋白质结构比对和预测以及生物信息学技术方法的研究等方面的研究论文、研究报告、综述、学术报告、经验交流、学术会议等研究成果。作者自由投稿，同行评审。
1 题目与标题
论文题目要紧扣主题。务求简明、新颖、有足够的信息，能引起读者的兴趣，不用副标题，一般不超过25个汉字或英文单词。中英文题目应对应一致，顶格书写。避免在题目中使用不常用的缩写词。
2 作者与单位
署名应限于参加本工作并能解答论文中有关问题者，必须注明通讯作者及其电子邮箱。中国作者英文名用汉语拼音，姓和名的首字母大写，双名不用连字号隔开；外国作者按其习惯书写，名用缩写，字母间加缩略点。作者下面一行书写作者的工作单位、城市名及邮政编码。工作单位的英文翻译应按照所在单位官方公布的为准。
3 中英文摘要
摘要应具有独立性和自明性，含有全文的主要信息，采用第一或第三人称表述，直截了当阐明研究的目的、方法、结果(含重要数据)和结论，尽量避免使用过于专业化的词汇，特殊符号和公式。摘要的写作要精心构思，仅罗列重复各标题的内容是不可取的。中文摘要一般要求200~300个汉字(大摘要)，英文摘要根据中文摘要写成，150个单词以上。
4 关键词
关键词需能反映论文的主题、核心内容。一般每篇3~5个，中英文须一致，排在相应的中英文摘要的下面。
5 研究背景
简明介绍论文提出的研究背景，相关领域的研究历史与现状，作者的意图与分析依据。研究论文的引言要求相当于一个Mini review。
6 结果与分析
集中介绍本研究的主要实验结果，并对实验结果进行相应的分析与解释。
7 讨论
应由观察和试验结果引申得出，切忌简单重复结果一节的内容，并避免作过远的推论和对某些问题提出“还有待进一步研究”之类的词句。
8 材料与方法
试验方法如与前人相同，需在其正文后引用相应的参考文献，有改进处需交代清楚；如是新方法则需详细说明。动植物和病虫害名称要注拉丁文学名。
9 作者贡献
简要说明每位署名作者对研究和论文的贡献。稿件的署名作者必须符合以下三条原则：(1)在试验设计、数据收集与获得、数据的处理与分析过程中作出了重大贡献；(2)在论文写作或修改过程中起到重大作用；(3)参与了论文的校对和定稿等工作。
我们建议采用如下格式编写作者贡献部分：某某某、某某某是本研究的实验设计和实验研究的执行人；某某某、某某某及某某某完成数据分析，论文初稿的写作；某某某参与实验设计，试验结果分析；某某某是项目的构思者及负责人，指导实验设计，数据分析，论文写作与修改，是本文的责任作者（通信作者）。全体作者都阅读并同意最终的文本。
10 致谢词
此部分说明论文的科研资助计划名称和项目编号，并可向对研究工作或论文撰写有实际帮助(资助)的人员或单位致谢。致谢词要简明扼要。
11 参考文献
参考文献应是作者亲自阅读过的，在论文中实际引用的文献，未实际引用的和非公开出版的文献(学位论文除外)请勿著录；如为2次引用且作者未看过原文的请勿著录；如属个人通讯中取得的引用资料可在正文中加括号注明“某某某, 年份, 私人通讯”。参考文献的列出次序根据第一作者姓氏的字母升序列出。
凡中文参考文献必须以中英文双语形式刊出(英文在前中文在后)，没有或查不到确切的英文篇名的，编辑部有权将其在参考文献中删除，改在正文中列出刊名期卷和页码。
正文中引用参考文献的方法：本刊采用在正文中直接引用作者姓名和发表年份的著录方法“作者年制”。英文文献的引用方法与中文文献的引用格式相同。私人通讯之内容直接在正文中引用，不再在参考文献中列出，引用方法为(姓名, 年, 私人通讯)。Internet 网站上的信息和资料直接在正文中引用，不再在参考文献中列出，引用方法为(姓名, 年, 详细网址)。
二、编写框架
1 正文标题层次
本刊正文标题采用阿拉伯数字连续编号，一级标题通常为“0”前言(本刊省略此标题)， 1结果与分析，2讨论，3材料与方法。二级标题用1.1，1.2,……；三级标题用1.1.1，1.1.2，……标题层次不宜过多。致谢和参考文献不作为标题层次。
2 计量单位
使用国际单位制(SI)和我国颁布的计量单位，不要使用已废弃的单位。在正文和图表中，计量单位一律用规定的单位字母符号书写。如s (秒)、min (分)、h (小时)、d (天)、m (米)、m2 (平方米)、L或l (升)，本刊统一用L、g (克)、kg (千克)、mol (摩)；能量、功、热量均用J (焦)，离心力用×g，离心速度用r/min；溶液浓度用mol/L或mol·L-1，本刊统一用mol/L、mg/L，不用已废弃的符号M、N、ppm；面积用hm2(公顷)、m2，不用亩；压强(压力)用Pa (帕)，不用bar (巴)或ld (磅)等，在使用3个或3个以上的复合单位时，单位之间用圆点隔开，如mol·dm-2·m-1而不用斜线(mol/dm2/m)，遗传距离cM、分子量kD、DNA片段长度kb和bp。
3 数字
文章中出现的公元世纪、年代、年、月、日、时刻等各种数字，一律用阿拉伯数字表示。年份不得简写，应写为“1993-1994”；图表中表示时间的年、月、日之间用连字符，如1999年5月8日应写成1999-05-08。
正文中的数字字体用Time New Roman，4位以上数字每3位空四分之一格，如：19367写成19 367。
表示年代时写为：90年代，五六十年代，20世纪80年代。
表示几年时写为：3~4年，近十年来，十多年来，近十几年来，七八十年，五千年。
4 缩写
文章中第一次出现缩写时，都必须解释缩写的含义，并写出缩写的完整表达方式。
5 图和表
本刊接受下列格式的图表文件：TIFF (首选格式, 分辨率最好不低于300dpi)；EPS (次选格式)；PDF；PNG (照片或图像)；微软Word文档(2000及后继版本，图表必须在一个单独页里)；JPEG；BMP位图。文章中图、表、照片要具有自明性，即本身给出的信息就能够说明所要表达的问题，题目简明、齐全，正文不必详细重复其数据，仅说明其主要结果和趋势即可。图、表的设计应科学合理，先见文后见图表，所有的图(图题和图注)和表(表题和表注)及图表中内容均需中英文对照。图题、表题均顶格书写，在中文题目的下方，须写出对应的英文题目。
5.1 表格
表格应当是正文内容的补充，而不是正文内容的重复。表格每个竖栏应有题头包括一个题目以及在括号内的计量单位。单位不应在同一栏内改变。当表格较大一页排不下时，应在下页续排，续排时在表的右上方标注续表字样。
5.2 插图
图上的符号和字母应足够大，以便缩小后还能看得清。要避免在同一幅图上出现大小差别太大的文字(为保证印刷质量, 请作者尽量提供原始图片文件或jpg文件)。
线图(Graphs)应在纵横座标上标出所测的参数或变量、计量单位和尺度。尺度包括很大和很小的数时，应以10的指数的形式表示。对图中符号的定义应放在图示的说明中，而不是图上。简单明了的符号( ●, ▲, ■, ◆, ★, ☆, ◇, 以及△)缩小仍可看清。应避免使用浅线或不同的明暗度来表示图的部分，而要用黑白图案、斜线图案或交叉斜线图案。应采用粗线或方框来强调或标出图片中某个部分。
6 参考文献著录格式
参考文献的著录格式：采用悬挂缩进两个汉字(4个英文字符)，排列顺序为：作者姓名(全部列出, 英美等国作者均按姓前名后顺序书写, 名缩写, 加缩写点用逗号分隔)，年份，文献题名，如van de Veer T.R.；van Meer P.H.。德国人的名字以“Von”开头，“V”大写，如：Von Kiaus D.J.L.
6.1 期刊论文
a.引用的参考文献作者人数为1人时
作者姓名，年份，文献题名，刊名，卷号(期号)：起止页码。在正文中直接列出作者的姓氏，加论文发表的年份。例如：
Sun J.W., 2007, Catalase activity response to sulfur dioxide in Zea mays L., Zuowu Xuebao (Acta Agronomica Sinica), 33(12): 1968-1971 (孙建伟, 2007, 二氧化硫对玉米细胞过氧化氢酶活性的影响, 作物学报, 33(12): 1968-1971)
在正文中引用格式为：(孙建伟, 2007)
b.引用的参考文献作者人数为2人时
作者姓名，年份，文献题名，刊名，卷号(期号)：起止页码。在正文中列出2位作者的姓氏，加论文发表的年份。例如：
Shang J.J., and Chen B.S., 2009, Hypoviruses andmechanisms of hypovirulence in Cryphonectria parasitica, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 28(5): 835-844 (商巾杰, 陈保善, 2009, 低毒病毒及板栗疫病菌低毒力机制, 基因组学与应用生物学, (28)5: 835-844
在正文中引用格式为：(商巾杰和陈保善, 2009)
Rollfinke B.F., and Yahner R.H., 1990, Community structure and composition of breeding and wintering birds in a wasterwater irrigated oak forest, Jsildl Manage, 54(3): 453-500
在正文中引用格式为：(Rollfinke and Yahner, 1990)
c.引用的参考文献作者3人或3人以上时
作者姓名，年份，文献题名，刊名，卷号(期号)：起止页码。在正文中直接列出第一作者的姓名(英文用第一作者的姓)及论文发表的年份，后加“等”或“et al.”。例如：
Shen X.Y., Cong G.Z., Chang H.Y., Liu X.T., and Xie Q.G., 2008, Variation analysis of the VP1 and 3ABC genes from the yellow cattle isolates persistently infected by foot-and-mouth disease virus, Nongye Shengwu Jishu Xuebao (Journal of Agricultural Biotechnology),16(5): 729-735 (沈小燕, 丛国正, 常惠芸, 刘湘涛, 谢庆阁, 2008, 口蹄疫病毒持续感染的黄牛分离毒株VP1和3ABC基因变异特征分析, 农业生物技术学报, 16(5): 729-735)
在正文中引用格式为：(沈小燕等, 2008)
Causse M.A., Fulton T.M., Cho Y.G., Ahn S.N., Chunwongse J., Wu K., Xiao J., Yu Z., Ronald P.C., Harrington S.E., Second G., McCouch S.R., and Tanksley S.D., 1994, Saturated molecular map of the rice genome based on an interspecific backcross population, Genetics, 138: 1251-1274
在正文中引用格式为：(Causse et al., 1994)
d.私人通讯和Internet 网站上的信息和资料的引用
直接在正文中引用，文后参考文献中不必列出。例如：私人通讯引用形式：(何新华, 2002, 私人通讯)
Internet网站上的信息和资料的引用方式：(林刚和何玫, 2002, www.wenweipo_com.htm)或(http://info.Jstage.jst.go.jp/contents/info/list/eng.html)
6.2 专著
作者姓名，著/编著/ed., (如为译著还应写出译者姓名) 出版年份，书名，版次(初次不写)，出版者(出版社)，出版地(国家和城市)，pp.+ 引文页码。在正文中的引用方法同期刊论文。例如：
Zeng Y.T., ed., 2002, Human hemoglobin, Science Press, Beijing, China, pp.1-3 (曾溢滔, 主编, 2002, 人类血红蛋白, 科学出版社, 中国, 北京, pp.1-3)
Altman A., and Waisel Y., eds., 1997, Biology of root formation and development, Plenum Press, New York and London, pp.376
Buchanan B.B., Gruissem W., and Jones R.L., eds., Qu L.J., Gu H.Y., Bai S.N., Zhao J.G., and Chen Z.L., trans., 2004, Biochemistry & molecular biology of plants, Science Press, Beijing, China, pp.250-288 (布坎南 B.B., 格鲁依森姆 W., 琼斯 R.L., 主编, 瞿礼嘉,顾红雅, 白书农, 赵进东, 陈章良, 主译, 2004, 植物生物化学与分子生物学, 科学出版社, 中国, 北京, pp.250-288)
6.3 论文集或专著中析出文献
作者姓名，出版年份，文献题名，见(In)：论文集编者+(编著或ed.)，论文集名，出版者，出版地，pp.+引文页码。在正文中的引用方法同期刊论文。例如：
Shoemaker R.C., Polzin K.M., Lorenzen L.L., and Specht J.E., 1996, Molecular genetic mapping of soybean, In: Verma D.P.S., and Shoe maker R.C. (eds.), Soybean: genetics, molecular biology and biotechnology, CIAB International, Wallingford, UK, pp.37-56
Tang K.X., Sun X.F., Ye M.M., Shen D.L., Bharathi M., Gatehouse J.A., Ronald P.C., Qi H.X., Lu X.G., Smith J., and Christou P., 1998, The development of rice pure breeding lines containing insect and disease resistance genes, In: Larkin P.J.(ed.), Agricultural biotechnology: laboratory, field and market, Proceedings of the 4th Asia-Pacific Conference on Agricultural biotechnology, 13~16, July, Darwin, Australia, pp.67-68
6.4 学位论文
作者姓名，年份，论文题名，申请学位类型，培养单位，指导教师姓名，pp.+引文页码。在正文中的引用方法同期刊论文。例如：
Li P.B., 2005, Study on heredity and molecular marker of fiber quality traits in upland cotton, Thesis for M.S., China Agricultural University, Supervisor: Chen S.J., pp.22-28 (李朋波, 2005, 陆地棉纤维品质性状遗传与分子标记研究, 硕士学位论文, 中国农业大学, 导师: 陈绍江)
Zhang Y.H., 2005, Protocol optimization for production of porcine cloned embryos by somatic cell nuclear transfer, Dissertation for Ph.D., China Agricultural University, Supervisor: Li N., pp.26-33 (张运海, 2005, 利用体细胞核移植技术生产猪克隆胚胎的研究, 博士学位论文, 中国农业大学, 导师: 李宁, pp.26-33)
6.5 专利文献
专利所有者姓名，授予专利或公开年份，专利题名，专利国别，专利号/申请号，并在参考文献中的引用。例如：
Liu Q.L., Bai S.Y., and Ma Y., 2004, An plant expression vector pBinETR1 of ethylene unsusceptivity and application, China Patent, ZL02126837.1 (刘青林, 白双义, 马祎, 2004, 一种乙烯不敏感的植物表达载体pBinETR1及其应用, 中国专利, ZL02126837.1)
Holton T.A., 1996, Transgenic plants exhibiting altered flower color and methods for producing same, United States Patent, US006080920A
6.6 其它
无论是期刊、专著、论文集、学位论文或专利文献，当作为参考文献没有正确的英文(出版时没有英文题目等)对照时，直接在正文中以作者、年、刊名、期卷号、页码的形式列出，在文后参考文献中不用再列。例如：(陈志贤等, 1987, 中国农业科学, 20(5): 6-11)
ISSN: 1929-4417