研究报告/Research Report
基于RNA-Seq数据筛选的小桐子抗冷相关基因的表达模式及其聚类分析 
王海波 
,
邹竹荣 ,
龚明 
,
邹竹荣 ,
龚明
1云南师范大学生命科学学院, 生物能源持续开发利用教育部工程研究中心, 云南省生物质能与环境生物技术重点实验室, 昆明, 650500
2曲靖师范学院生物资源与环境科学学院, 曲靖, 655011
作者 通讯作者
植物药与药理学杂志, 2014 年, 第 3卷, 第 2 篇
收稿日期: 2014年12月05日 接受日期: 2014年12月16日 发表日期: 2014年12月28日
2曲靖师范学院生物资源与环境科学学院, 曲靖, 655011
作者 通讯作者
植物药与药理学杂志, 2014 年, 第 3卷, 第 2 篇
收稿日期: 2014年12月05日 接受日期: 2014年12月16日 发表日期: 2014年12月28日
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本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》2014年33卷第6期1196-1205页上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。
推荐引用：
引用格式(中文)：
王海波等, 2014, 基于RNA-Seq数据筛选的小桐子抗冷相关基因的表达模式及其聚类分析, 基因组学与应用生物学, 33(6): 1196-1205 (doi: 10.13417/j.gab.033.001196 )
引用格式(英文)：
Wang et al., 2014, Expression Patterns of the Cold Tolerance-associated Genes of Jatropha curcas Screened Based on RNA-Seq Data and Their Cluster Analysis, Genomics and Applied Biology, 33(6): 1196-1205 (doi: 10.13417/j.gab.033.001196 )
摘 要
能源树种小桐子属冷敏植物，受低温胁迫影响涉及到形态、生理、生化、基因表达及调控等多个方面。我们最近通过RNA-Seq技术获得了小桐子低温锻炼转录组(45 251条Unigene)及其数字基因表达谱数据，发现在12℃低温锻炼下有4 185个基因表达量发生变化，其中在不同锻炼时间(12 h, 24 h, 48 h)内都发生变化的基因有553个。本工作从中选择了22个与对照相比有较大表达差异、新诱导的或被公认的抗冷相关基因，通过半定量RT-PCR及进一步聚类分析检测它们在小桐子不同组织及低温锻炼过程中的表达模式，结合其数字基因表达结果以期找出与小桐子抗冷性密切相关的潜在关键基因，为小桐子抗冷性的遗传改良打下基础。
关键词
小桐子；RNA-Seq；抗冷相关基因；表达模式；聚类分析
